使用MPI的h5py打开文件块

Question

我试图用h5py和mpi打开hdf5文件，方法是执行

print("Opening...")
f = h5py.File(file_path, "r", driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
print("Done")

由于某些原因，这行代码在我的项目中执行时会阻塞。 我试图创建一个可复制的小示例，但没有成功，因为这行代码在这些示例中的工作方式应该是一样的。在

所以在我的代码库中有一些东西我无法追踪，这导致上面提到的代码行被阻塞。在

问题：什么会导致h5py.File阻塞？

注意：CPU达到100%，所以mpi似乎在等待什么。。。在

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注2:从我的代码库中添加了一些根本没有帮助的代码：

在if工作之前打开文件，在if内部只是块。。。在

^{pr2}$

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代码通过

mpiexec -n 2 python Test.py
or
mpiexec.mpich -n 2 python Test.py

安装了两个并尝试了它们，但得到了相同的结果。。。在

Answer 1

我的猜测是，open调用是集体的，因此需要由communicator中的所有进程调用，而且由于您指定COMM_WORLD，这意味着所有人。如果只调用一个子集，则它将阻塞。在

我不是百分之百清楚你想做什么-你只想打开主任务的文件吗？这意味着只有主任务才能实际写入文件，因此工作人员需要使用MPI来发送他们想要写入的任何数据。在

如果是这样，您可以只在main上调用open，但是使用communicator COMM_SELF，这意味着它不会等待所有其他列组也调用open。在

谨致问候

大卫