python错误地将列表写入文件

Question

我在将列表写入文件时遇到问题。我正在注释某些文件以将其更改为特定格式，因此我读取序列对齐文件，将其存储在列表中，进行必要的格式化，然后将其写入新文件。问题是，虽然我的列表（包含序列对齐）结构正确，但将它们写入新文件时产生的输出不正确（它不会复制我的列表结构）。我只包含了我的输出的一部分，以及它应该是什么样子，因为列表本身太长，无法发布。在

写入文件的输出：

>
TRFE_CHICK 

From XALIGN

MKLILCTVLSLGIAAVCFAAP (seq spans multiple lines) ...

ADYIKAVSNLRKCS--TSRLLEAC*> (end of sequence, * should be on a newline, followed by > on a newline as well)

输出应写成：

^{pr2}$

它会多次出现这种格式错误。我试过对列表进行酸洗和拆开处理，但那会使它更不符合格式。在

生成列表并写入文件的代码：

new = []
for line in alignment1:
    if line.endswith('*\n'):
        new.append(line.strip('*\n'))
        new.append('*')
   else:
        new.append(line)

new1 = []
for line in new:
    if line.startswith('>'):
        twolines = line[0] + '\n' + line[1:]
        new1.append(twolines)
        continue
    else:
        new1.append(line)

for line in new1:
     alignfile_annot.write(line)

基本上，我已经对它进行了编码，以便它读取对齐文件，在序列的末尾和*字符之间插入一行，而且后面的ID代码总是在新行上。这是我的列表构建方式，但不是写入文件的方式。有人知道为什么会出现误动作吗？ 很抱歉我的短信太长了，我尽量把它写得尽可能简短，以便把我的问题讲清楚 我运行的是python2.6.5

Answer 1

new.append(line.strip('*\n'))
new.append('*')

您有一个行列表（每个行都有新行结束符），因此您还需要为这两行包括\n：

^{pr2}$

请记住，strip（或slice，如我所更改的）将删除换行符，因此将列表中值为“…*\n”的单个项拆分为“…”和“*”两个项，实际上会从原来的内容中删除一个新行。在