Python Pandas到R datafram

Question

我将在R中将Python pandas数据帧转换为数据帧。 我找到了几个图书馆来解决这个问题

http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/r_interface.html

那是rpy2

但我找不到保存或转移到R的方法

首先我试着“去创造”

df_R = com.convert_to_r_dataframe(df_total)
df_R.to_csv(direc+"/qap/detail_summary_R/"+"distance_"+str(gp_num)+".csv",sep = ",")

但它给了我一个错误

"AttributeError: 'DataFrame' object has no attribute 'to_csv'  "

所以我试着看看它的数据类型 是的

<class 'rpy2.robjects.vectors.DataFrame'>

如何将此类型对象保存到csv文件或传输到R？

Answer 1

最近的文档https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/generated_rst/pandas.html有一个关于与pandas交互的部分。

否则，rpy2.robjects.vectors.DataFrame类型的对象有一个方法to_csvfile，而不是to_csv：

https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/vector.html#rpy2.robjects.vectors.DataFrame.to_csvfile

如果想在Python和R之间传递数据，有比编写和读取CSV文件更有效的方法。尝试转换系统：

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

from rpy2.robjects.packages import importr

base = importr('base')
# call an R function on a Pandas DataFrame
base.summary(my_pandas_dataframe)

Answer 2

一旦拥有data.frame，就可以使用write.table或后者的包装器之一保存它，例如writee.csv。

在rpy2中：

import rpy2.robjects as robjects
## get a reference to the R function 
write_csv = robjects.r('write.csv')
## save 
write_csv(df_R,'filename.csv')

Answer 3

如果标准的基于文本的格式（csv）太慢或太大，我建议使用feather，一种建立在Apache Arrow上的序列化格式。它是由RStudio/ggplot2/etc（Hadley Wickham）和pandas（Wes McKinney）的创建者显式开发的，用于Python和R之间的性能和互操作性（参见here）。

您需要pandas verson 0.20.0+，pip install feather-format，然后可以使用to_feather/read_feather操作作为to_csv/read_csv的直接替换：

df_R.to_feather('filename.feather')
df_R = pd.read_feather('filename.feather')

等价的R（使用包feather）是

df <- feather::read_feather('filename.feather')
feather::write_feather(df, 'filename.feather')

除了一些小的调整（例如，不能将自定义数据帧索引保存在feather中，因此需要首先调用df.reset_index()），这是一个快速而简单的替换csv、pickle等的插件