我想找出最快的方法,把生存分析数据转换成一种允许时变协变量的格式。基本上这是Stata中stsplit
的python实现。举一个简单的例子,包含以下信息:
id start end x1 x2 exit
1 0 18 12 11 1
这告诉我们,观察开始于时间0,结束于时间18。退出告诉我们这是一个“死亡”而不是正确的审查。x1和x2是随时间变化的常数。在
^{pr2}$我想要:
id start end x1 x2 exit age
1 0 7 12 11 0 30
1 7 17 12 11 0 40
1 17 18 12 11 1 50
Exit在结尾处只有1,表示t=18是死亡发生的时候。在
假设:
以及:
^{pr2}$您可以:
输出:
这可以使用lifelines,特别是
add_covariate_to_timeline
函数example here。这个函数非常灵活,可以进行累加和等操作对于上述示例:
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