Python:如何计算两个网络之间的jaccard索引?

2021-04-11 23:20:00 发布

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我有两个数据帧df1df2,其中包含两个网络的边缘列表g1和{},它们包含相同的节点但不同的连接。对于每个节点,我想比较两个网络之间的jaccard索引。在

我定义了计算jaccard索引的函数

def compute_jaccard_index(set_1, set_2):
    n = len(set_1.intersection(set_2))
    return n / float(len(set_1) + len(set_2) - n) 

df1  
     i   j
0    0   2
1    0   5
2    1   2
3    2   3
4    2   4
5    2   7


df2  
     i   j
0    0   2
1    0   5
2    0   1
3    1   3
4    2   4
5    2   7

我正在做的是:

^{pr2}$

我想知道有没有更有效的方法

1条回答
网友
1楼 ·

我发现利用scipy的稀疏矩阵和向量化操作比依赖python的set函数更快。这里有一个简单的函数 数据帧边缘列表成稀疏矩阵(有向和无向):

import scipy.sparse as spar

def sparse_adjmat(df, N=None, directed=False, coli='i', colj='j'):
    # figure out size of matrix if not given
    if N is None:
        N = df[[coli, colj]].max() + 1

    # make a directed sparse adj matrix
    adjmat = spar.csr_matrix((np.ones(df.shape[0],dtype=int), (df[coli].values, df[colj].values)), shape = (N,N))

    # for undirected graphs, force the adj matrix to be symmetric
    if not directed:
        adjmat[df[colj].values, df[coli].values] = 1

    return adjmat

那么这只是对二元邻接矩阵的简单向量运算:

^{pr2}$

为了进行比较,我制作了一个随机pandas edge list函数,并将代码打包成以下函数:

def erdos_renyi_df(N=100,m=400):
    df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,N, size=(m,2)), columns = ['i','j'])
    df.drop_duplicates(['i','j'], inplace=True)
    df.sort_values(['i','j'], inplace=True)
    df.reset_index(inplace=True, drop=True)
    return df

def compute_jaccard_index(set_1, set_2):
    n = len(set_1.intersection(set_2))
    return n / float(len(set_1) + len(set_2) - n) 

def set_based_jaccard(df1,df2):
    tmp1 = pd.unique(df1['i'])
    tmp2 = pd.unique(df2['i'])
    JI = []
    for i in tmp1:
        tmp11 = df1[df1['i']==i]
        tmp22 = df2[df2['i']==i]
        set_1 = set(tmp11['j'])
        set_2 = set(tmp22['j'])

        JI.append(compute_jaccard_index(set_1, set_2))

    return JI

然后,我们可以通过建立两个随机网络来比较运行时:

N = 10**3
m = 4*N

df1 = erdos_renyi_df(N,m)
df2 = erdos_renyi_df(N,m)

以及使用基于集合的方法计算每个节点的Jaccard相似性:

%timeit set_based_jaccard(df1,df2)
1.54 s ± 113 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)

以及稀疏方法(包括转换为稀疏矩阵的开销):

%timeit sparse_jaccard(sparse_adjmat(df1, N=N, directed=True, coli='i', colj='j'),sparse_adjmat(df2, N=N, directed=True, coli='i', colj='j'))
1.71 ms ± 109 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)

你可以看到稀疏矩阵快1000倍。在

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