c： 第0行：意外标记“（”附近出现语法错误

Question

我有一个PYTHON脚本，它接受一个输入文件并给出一个输出文件。输入文件和输出文件被指定为系统argv[1] 和[2]如下：

myscript.py input.file output.file

不幸的是，需要对输入文件进行预处理以满足脚本的要求。我可以预处理原始文件并转换为可接受的格式。预处理步骤如下：

^{pr2}$

但是，有超过1000个这样的文件，为了节省一些存储空间，我希望脚本通过进程替换来获取预处理的数据，我在这里找到了一个解决方案：https://superuser.com/questions/1070265/how-to-pipe-awk-command-output-to-python-as-first-argument

因此，以下方法非常有效：

myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa

但是，正如我提到的，我有1000个这样的文件，我编写了一个python脚本来循环所有文件，然后将上面的命令嵌套在其中操作系统如下所示

os.system("myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa")

但是，这次运行脚本时，出现以下错误：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `myscript.py <(awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa'

对于同一个错误，我可以找到许多答案，但没有一个对我有效。我有一些我尝试过的链接：

https://askubuntu.com/questions/348942/why-does-my-python-script-fail-with-syntax-errors

https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token?rq=1

https://askubuntu.com/questions/656425/syntax-error-near-unexpected-token

https://askubuntu.com/questions/372926/bash-syntax-error-near-unexpected-token

当我使用上述解决方案时，我得到了EOL错误

我开始知道“（”是一个错误的语法从这里：bash: syntax error near unexpected token `('

然后我试着用“/”键，结果出现了以下错误：

 IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/<(awk NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0} input.fastq)

你能给我提个解决办法吗？在

Answer 1

显式地使用bash作为进程替换

os.system("bash -c \"myscript.py <(awk -v gt='>' 'NR % 4 == 1 {print gt $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' input.fastq) output_processed.fa\"")

我将">"字符串从awk主体中取出，以减少嵌套引号的级别。在

或者使用默认的/bin/sh并将awk输出写入临时文件。在

^{pr2}$

如果您控制myscript.py，允许它接受stdin上的数据而不是文件名，这样您就可以编写

os.system("awk '...' input.fastq | myscript.py output_processed.fa")