Snakemake抱怨在运行指令中找不到它应该创建的文件

Question

考虑以下简单的snakefile，它试图用run指令写入文件：

rule all:
    input:
        "test.txt"

rule make_test:
    output:
        filename = "test.txt"
    run:
        with open(output.filename) as f:
            f.write("test")

运行它会产生以下结果：

^{pr2}$

我对此感到惊讶。显然，我没有找到正确的方法来告诉snakemake这就是我希望规则make_test创建的文件。在

我还尝试了以下输出语法的修改：

rule all:
    input:
        "test.txt"

rule make_test:
    output:
        "test.txt"
    run:
        with open(output[0]) as f:
            f.write("test")

错误是一样的。在

怎么回事？在

Answer 1

我找到了错误的原因：我只是忘记了以写入模式打开文件：

全部规则： 输入： "测试.txt““

以下工作：

rule make_test:
    output:
        "test.txt"
    run:
        with open(output[0], "w") as f:
            f.write("test")