python迭代列表和子字符串

Question

我有两个python字典变量。一种是以id作为键，以长字符串作为值的dict，另一种是以不同类型的id作为键并以list作为值的dict。在

它们看起来像这样：

**dContigData** 
Chromosome_8.8 AAACGCAATAACCAGAAAACCAATTTTTAAAATATTAAACCCAACGAAAT...
Chromosome_8.4 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCC...
Chromosome_8.5 CTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT...
Chromosome_8.6 GCCTGCTCGTAACCCTGACTCGTCCACCCCCAATCCGTCACCCCATTAAT...
Chromosome_8.7 CCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACC...
Chromosome_8.1 TCGCTTCGGCGGTCCTGCGGCATCTTTGTACTTCTTGTGGAAGTCGTCAA...
Chromosome_8.2 CCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACC...
Chromosome_8.3 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA...

另一个：

^{pr2}$

因此，我编写了代码，将“dict e”中的键和“dict e”值[1]-1（第一种情况是306311，因为python的位置而减去1）中的dContigData value的子字符串打印到值[-1]（第一种情况下是307475）。但是，虽然位置信息元素（列表中第一个元素之后的元素）的长度不同。e、 染色体（8.X）总是成对的。实际上，我要做的是迭代每个列表中的位置信息元素，并将dContigData的字符串作为子字符串。在

我的代码：

dContigData = readContigFasta()

#for key in dContigData:
#    print(key, dContigData[key][0:50]+"...")

for key in e:
    for contigID in dContigData:
        if e[key][0] == contigID:
            #print (key, e[key])
            print (key, dContigData[contigID][e[key][1]-1:e[key][-1]]) # -1 for start base 0

编辑：好吧，你们中的很多人都听不懂我的问题，所以如果你不明白上面的含糊不清，请集中精力看下面的最终结果。；）

结果应该是（例如“dict e”中的第5个，有3个片段）：

例如

MGG_00992T0 [896032]ATGGGCATTTCGGCTCGGGTCAGTAC[896144]...[896225]GCTGACCCATTACAGGTTGGGGGCTTTAA[896573]...[896654]ACCAAAGTTCCCACTTGTCCCCTGGGACCGAGATGTCCAACAATGA[897307]

[数字]还有。。。为了更容易理解（不包括在内）

有没有办法在循环时把一个字符串子串起来，然后连接回一个字符串？在

Answer 1

这是你问题的简化版本，说明我 根据编辑前的问题思考并使用 完整的字母表而不是DNA，以使位置更清晰。（请参阅 有关如何编写有用的minimal example的帮助文件。）

dContigData = {
    "chromo_1": "abcdefghij",
    "chromo_2": "ABCDEFGHIJ"
}

e = {
    "mgg_1": ["chromo_1", 2, 4, 7, 9],
    "mgg_2": ["chromo_2", 1, 5, 8, 10]
}

期望输出：

^{pr2}$

如果这就是您的意思，那么python3代码将生成该输出。 请注意，字典键不是按任何特定顺序排列的。你可能更喜欢 为e使用列表列表，而不是列表字典，因为 不管怎样，你似乎只是在重复它。在

for mgg in sorted(e):
    lst = e[mgg]
    chrom = lst[0]
    substrings = []
    for i in range(1, len(lst), 2):
        startpos, endpos = lst[i:i+2]
        substrings.append(dContigData[chrom][startpos-1:endpos])
    print("{}\n{}".format(mgg, "".join(substrings)))

Answer 2

如果我没弄错你的问题，这应该可以做到：

for key, value in e.items():
    print(
        key,
        dContigData[value[0]][value[1]-1:value[-1]]
    )

Answer 3

更普遍的解决方案：

import itertools


def group(lst, n):
    """Group an iterable into an n-tuples iterable. Incomplete tuples
    are discarded e.g.

    >>> list(group(range(10), 2))
    [(0, 1), (2, 3), (4, 5), (6, 7), (8, 9)]
    >>> list(group(range(10), 3))
    [(0, 1, 2), (3, 4, 5), (6, 7, 8)]
    """
    return itertools.izip(*[itertools.islice(lst, i, None, n)
                          for i in range(n)])


for key in e:
    sub_str_list = []
    contigID = e[key][0]
    for start, end in group(e[key][1:], 2):
        sub_str_list.append(dContigData[contigID][start-1:end])
    print(contigID, '...'.join(sub_str_list))