SciPy cKDTree/query_-ball_-tree内存问题

Question

我正在处理两个大型数据集（三维点的坐标）。第一个数据集有大约一百万个点（Data1），而第二个数据集有五千万个点（Data2）。我需要通过比较两个数据集来进行对计数和范围查询。目前，我正在使用scipy cKDTree（我读到它很快）。在

from scipy.spatial import cKDTree
KDTree_Data1 = cKDTree(Data1)
KDTree_Data2 = cKDTree(Data2)
print "KDTree created"
Data2_Indx = KDTree_Data1.query_ball_tree(KDTree_Data2, r=170, p=2.0, eps=0)                          
print "Something"

当我为测试用例（数据1和数据2的小尺寸）运行这个脚本时，它运行得很好，但是当我为实际情况运行它时（数据1为~1 mil，数据2为~50 mil），我得到以下输出（和错误消息）。在

^{pr2}$

我怀疑查询树比我的计算机需要更多的内存。我使用的是一款16 GB（1867 MHz DDR3）内存和3.1 GHz（Intel Core i7）处理器的Mac电脑。在

有人能提出一种替代cKDTree（或query_ball_tree）的方法吗？它需要更少的内存？如果有任何有用的答复，我将不胜感激。在