用python（蛋白质结构文件）解析PDB头信息？

Question

PDB文件（蛋白质数据库）是否有解析器可以从header/REMARK部分提取（大多数）信息，比如精化统计等等。？在

值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存入蛋白质数据库的结构。这意味着要处理的“适当”格式有很多种，这取决于所使用的优化软件。在

我已经看过Biopython，但他们在FAQ中明确指出：“如果您对PDB头的数据挖掘感兴趣，您可能需要查找其他地方，因为对此的支持非常有限。”

我很清楚，从mmCIF文件中提取这些信息要容易得多，但不幸的是，这些信息还没有从许多大分子晶体学程序中常规输出。在

Answer 1

到目前为止，我发现的最好的方法是使用PDB_extract（http://pdb-extract.wwpdb.org/，联机或独立）将PDB文件转换为mmcif格式。

可以使用Biopythons解析mmcif文件生物数据库-模块。 编写mmcif文件有点困难，Python PDBx似乎工作得相当好。

这个和其他有用的PDB-/mmcif工具可以在http://mmcif.wwpdb.org/docs/software-resources.html找到

Answer 2

也许你该去图书馆看看？ https://pypi.python.org/pypi/bioservices