我有两个文件f1.fasta
和f2.fasta
。我想比较f1
和{
f1
FASTA示例:
>VFG0127
ATGCCTGGAAATATA...
>VFG0007
TTAGGCATATTTCAT...
f2
FASTA示例:
我想得到例如:VFG0127 |位置7,X应该是一个。。。在
我试过这个代码,但我什么也做不到
dict_1 = {}
dict_2 = {}
with open(f1, 'r') as f1, open (f2, 'r') as f2:
for line in f1:
if line.startswith('>'):
id_acc1 = line.strip()
seq_1 = f1.next().strip()
dict_1[id_acc1]=seq_1
#print dict_1
for line in f2:
if line.startswith('>'):
id_acc2 = line.strip()
seq_2 = f2.next().strip()
dict_2[id_acc2]=seq_2
#print dict_2
diffkeys = [k for k in dict_1.values()[index] if dict_1[k] != dict_2[k]]
for k in diffkeys:
print k, ':', dict_1[k], '->', dict_2[k]
我在这件事上花了好几个小时,但我没法使它奏效。 请我还是一个初学者,一个简单的代码将不胜感激。在
我想这应该行得通。这取决于你的fasta文件到底有多好。在
我认为你的困难是不正确的,虽然不确定。祝你好运。在
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