使用pyb的python模块进行指纹识别

Question

我想用化合物的微笑来提取指纹。我做了，但问题是我想得到一个更高的位和一个列表格式，这样我就可以计算列表的长度。在这种情况下，我只需要上课。python中有没有使用pybel的解决方案？我这样做了，但是当我写len(fps[0])时，我得到了一个错误

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print fps[0]

Answer 1

您可以对指纹对象使用函数fp。默认计算FP2指纹，其长度为32。 有代码，输出长度和位0

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print len(fps[0].fp)
print fps[0].fp[0]

结果：

^{pr2}$