如何在Python传递缓冲区中使用带gdcm的DICOM LUT解码器

Question

我需要使用GDCM将DICOM图像转换为PNG格式。当this example起作用时，它似乎没有考虑到{a3}，因此我得到了一个反转/非反转图像的混合。虽然我熟悉C++和Python，但我不能很好地理解包装器中的黑魔力。文档是纯C++编写的，我需要一些帮助来连接这些点。在

主要任务

转换示例中的以下部分：

def gdcm_to_numpy(image):
    ....
    gdcm_array = image.GetBuffer()
    result = numpy.frombuffer(gdcm_array, dtype=dtype)
    ....

像这样的事情：

^{pr2}$

现在给出错误：

NotImplementedError: Wrong number or type of arguments for overloaded function 'LookupTable_Decode'.
  Possible C/C++ prototypes are:
    gdcm::LookupTable::Decode(std::istream &,std::ostream &) const
    gdcm::LookupTable::Decode(char *,size_t,char const *,size_t) const

从GetBuffer定义来看，我猜第一个参数是赋值变量bool GetBuffer(char *buffer) const;。我想后一个四元版本才是我的目标。不幸的是，我不知道size_t参数应该是什么。我试过了

gdcm_in_size = sys.getsizeof(gdcm_array)
gdcm_out_size = sys.getsizeof(gdcm_array)*3
gdcm_decoded = lut.Decode(gdcm_out_size, gdcm_array, gdcm_in_size) 

还有

gdcm_in_size = ctypes.sizeof(gdcm_array)
gdcm_out_size = ctypes.sizeof(gdcm_array)*3
gdcm_decoded = lut.Decode(gdcm_out_size, gdcm_array, gdcm_in_size) 

但是没有成功。在

根据@malat的建议用ImageApplyLookupTable更新-测试

...
lutfilt = gdcm.ImageApplyLookupTable();
lutfilt.SetInput( image );
if (not lutfilt.Apply()):
    print("Failed to apply LUT")

gdcm_decoded = lutfilt.GetOutputAsPixmap()\
    .GetBuffer()

dtype = get_numpy_array_type(pf)
result = numpy.frombuffer(gdcm_decoded, dtype=dtype)
...

不幸的是，我得到了“未能应用LUT”打印，图像仍然颠倒。如下图所示，ImageJ表明它有一个反转的LUT。在

Answer 1

作为一个简单的解决方案，我将首先应用LUT。在这种情况下，您需要使用ImageApplyLookupTable。它在内部调用gdcm:：LookupTableAPI。有关example，请参阅。在

当然，正确的解决方案是传递DICOM LUT并将其转换为PNG LUT。在

---

更新：现在你已经发布了截图。我理解你那边的情况。您不是在尝试应用DICOM查找表，而是尝试更改两个不同的光度转换DICOM数据集的渲染，即单色1与单色2。在

在这种情况下，您可以使用软件实现通过使用：gdcm.ImageChangePhotometricInterpretation来更改它。从技术上讲，这种类型的渲染最好使用图形卡来完成（但这是另一回事）。在