Python-通过shell scrip激活conda env

Question

我希望运行一个简单的shell脚本来简化一些conda环境的管理。通过conda activate在linux操作系统中激活conda环境在shell中工作良好，但在shell脚本中有问题。有人能告诉我为什么会这样吗？

重复此问题的示例：

# default conda env
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : base
          conda version : 4.6.9

# activate new env to prove that it works
$ conda activate scratch
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : scratch
          conda version : 4.6.9

# revert back to my original conda env
$ conda activate base 

$ cat shell_script.sh
#!/bin/bash
conda activate scratch

# run shell script - this will produce an error even though it succeeded above
$ ./shell_script.sh

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

Answer 1

错误消息非常有用-它告诉您conda没有从脚本运行所在的子shell中正确设置。要在脚本中使用conda，您将需要（如错误消息所示）首先运行conda init bash（或任何shell）。conda的行为及其设置方式取决于conda版本，但版本4.4+行为的原因是conda依赖于conda shell本身通常设置的某些环境变量。最重要的是，this changelog entry解释了为什么您的conda activate和deactivate命令不再像您在4.4及更高版本中期望的那样工作。

有关这方面的更多讨论，请参见GitHub上的official conda issue。

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编辑：更多的研究告诉我，错误消息中提到的conda init函数实际上是一个新的v4.6.0特性，它允许快速设置环境，以便您可以使用conda activate，而不是旧的source activate。但是，这之所以有效，是因为它添加/更改了当前shell的多个环境变量，并且还更改了RC文件（例如：.bashrc），并且RC文件的更改永远不会在当前shell中进行—只在新创建的shell中进行。（当然，除非你再次引用.bashrc）。事实上，conda init --help也这么说：

IMPORTANT: After running conda init, most shells will need to be closed and restarted for changes to take effect

但是，您显然已经运行了conda init，因为您可以交互使用conda activate。事实上，如果您打开.bashrc，您应该能够看到conda添加的几行代码，它们教您的shell在哪里查找conda命令。不过，脚本的问题在于，.bashrc是而不是源于运行shell脚本的子shell（有关更多信息，请参见this answer）。这意味着，即使您的非登录交互式shell看到conda命令，您的非交互式脚本子shell也不会-无论您调用conda init多少次。

这导致了一个猜想（我自己在Linux上没有conda，所以我无法测试它），通过这样运行您的脚本：

bash -i shell_script.sh

您应该看到conda activate工作正常。为什么？-i是一个bash标志，它告诉shell您开始在交互模式下运行，这意味着它将自动为您的.bashrc提供源代码。这应该足以让您在脚本中使用conda，就像您正常使用它一样。