如何迭代qsub作业

Question

如何迭代qsub作业？在

设一个变量i=2:10，对于每个i，我想运行“tmp.r”并在进入下一个i之前暂停10秒测试.pbs. 我试过了：

for i in `seq 1 10`;do;qsub job$i.sub;sleep 10;done

但是这个提交的作业会立即返回。。在

我想在Cray XE6上运行这个。 我的R代码使用遍历算法，所以迭代提交作业将使其更高效。在

你知道如何用bash或python来实现这一点吗？在

谢谢！在

Answer 1

我不知道为什么你不能仅仅qsub一个脚本，然后在运行后按顺序执行作业。在

但如果有帮助，您可以提交作业并为其提供条件，以便仅在其他作业（在本例中为上一个作业）完成时执行：

Torque nested/successive qsub call

Answer 2

本质上，qsub会立即返回一个作业id，这样您就无法像您描述的那样批量提交作业。在

如果使用torque，可以使用作业数组。请参阅此文档

http://docs.adaptivecomputing.com/torque/help.htm#topics/commands/qsub.htm#-t

echo sleep 300 | qsub -t 10


[adaptive@mongo-test3 ~]$ qstat
Job id                    Name             User            Time Use S Queue
            -                 -      -   -
19188[].mongo-test3        STDIN            adaptive               0 R batch

如果您使用的是像Moab这样的调度程序

^{pr2}$