Bokeh RuntimeError，如何在绘图中添加工具提示？

Question

我正在尝试将工具提示添加到我先前绘制的绘图中：

在x轴上是标记位置，y轴包含基因位置。工具提示当前为空

但是当我试图添加它们时，我得到了一个运行时错误。在

对于绘图，我使用包含标记和基因坐标（分别是xmar和{}）和LOD值的df。这三列来自三个单独的列表（xmar，ygen和{}）：

DFvalue = pd.DataFrame({'xmar':xmar, 'ygen':ygen, 'value':value})

   xmar  ygen     value
0     0   402  5.075381
1     0   708  4.619449
2     1   489  3.817142
3     1   652  4.396806
4     2   500  3.662211

还有另一个df的名称而不是坐标（链接到工具提示吗？）。这个df又是由三个列表组成的（marname，genname和{}）：

^{pr2}$

我的绘图代码如下所示，我猜ColumnDataSource()出了问题，但我不知道为什么或者怎么出了问题？在

TOOLS= "hover,pan,wheel_zoom,zoom_in,zoom_out,box_zoom,undo,redo,reset,save"
SOURCE = ColumnDataSource(DFvalue)
TOOLTIPS = [
    ('gene', '@genname'),
    ('marker', '@marname'),
    ('LOD score', '@value')
]

 #Create figure
 p = figure(tools=TOOLS, tooltips=TOOLTIPS)
 p.xaxis.axis_label = 'Position genes'
 p.yaxis.axis_label = 'Position markers'


 p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

运行后，我收到以下错误：

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)
File "fakesource", line 5, in circle
File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\plotting\helpers.py", line 757, in func
raise RuntimeError(_GLYPH_SOURCE_MSG % nice_join(incompatible_literal_spec_values, 
conjuction="and"))
RuntimeError: 

Expected x and y to reference fields in the supplied data source.

When a 'source' argument is passed to a glyph method, values that are sequences
(like lists or arrays) must come from references to data columns in the source.

For instance, as an example:

source = ColumnDataSource(data=dict(x=a_list, y=an_array))

p.circle(x='x', y='y', source=source, ...) # pass column names and a source

Alternatively, *all* data sequences may be provided as literals as long as a
source is *not* provided:

p.circle(x=a_list, y=an_array, ...)  # pass actual sequences and no source

Answer 1

错误消息包含有关使用错误的所有信息，以及有关如何修复的信息：

Expected x and y to reference fields in the supplied data source.

When a 'source' argument is passed to a glyph method, values that are sequences (like lists or arrays) must come from references to data columns in the source.

For instance, as an example:

source = ColumnDataSource(data=dict(x=a_list, y=an_array))

p.circle(x='x', y='y', source=source, ...) # pass column names and a source

Alternatively, all data sequences may be provided as literals as long as a source is not provided:

p.circle(x=a_list, y=an_array, ...) # pass actual sequences and no source

您将source传递给glyph方法，但也为x=xmar和{}传递了实际列表。

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

正如错误所说，这是不允许的。如果将source传递给glyp，glyp的所有内容都必须来自源代码。你不能混搭。因此，您必须将xmar和{}作为列放在ColumnDataSource中，然后配置x和{}以使用这些列：

^{pr2}$

您可以“手动”将这些列添加到source.data字典中，也可以在调用ColumnDataSource(DFvalue)之前将这些列添加到数据帧中

Answer 2

您的ColumnDataSource是从DFvalue生成的，但您正试图从DFname获取工具提示数据。 我想如果您在您的ColumnDataSource中包含其他数据：

SOURCE = ColumnDataSource(data=dict(
    xmar=DFvalue['xmar'],
    ymar=DFvalue['ygen'],
    value=DFvalue['value']
    marname=DFname['xname']
    genname=DFname['yname']))

您可以在TOOLTIP中指向所需的数据。