如何写入png/tiff文件patchbypatch？

Question

我想从一个非常大的h5py数据集创建一个png或tiff图像文件，它不能同时加载到内存中。所以，我想知道python中是否有一种方法可以在补丁中写入png或tiff文件？（我可以将h5py数据集分片加载到numpy.ndarray）。 我尝试过使用pillow库并给出框坐标，但对于大图像，它会耗尽内存。在

基本上，我想知道有没有一种方法可以做到：

for y in range(0, height, patch_size):
    for x in range(0, width, patch_size):
        y2 = min(y + patch_size, height)
        x2 = min(x + patch_size, width)
        # image_arr is an h5py dataset that cannot be loaded completely
        # in memory, so load it in slices
        image_file.write(image_arr[y:y2, x:x2], box=(y, x, y2, x2))

我正在寻找一种方法来做到这一点，而不需要将整个图像加载到内存中。我试过枕头库，但它把所有的数据都存储在内存中。在

编辑：这个问题不是关于h5py，而是关于如何将非常大的图像（不能加载到内存中）以补丁的形式写入到一个文件中-类似于通过逐行写入来构造大文本文件。在

Answer 1

尝试tifffile.memmap：

from tifffile import memmap

image_file = memmap('temp.tif', shape=(height, width), dtype=image_arr.dtype,
                    bigtiff=True)

for y in range(0, height, patch_size):
    for x in range(0, width, patch_size):
        y2 = min(y + patch_size, height)
        x2 = min(x + patch_size, width)
        image_file[y:y2, x:x2] = image_arr[y:y2, x:x2]

image_file.flush()

这将创建一个带有一个条带的未压缩BigTIFF文件。内存映射图块尚未实现。不知道有多少库可以处理这种文件，但是您可以使用TIFF标记中的元数据直接从strip中读取。在