从pdb-fi得到残基的性质

Question

我有一个pdb文件，我想用python解析pdb，我想在pdb中找到以下残留物：

1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area

我试过用pybel

^{pr2}$

但是，我只能看到一些财产。在

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

如何从pdb中找到这3个属性？我可以使用python中可用的任何模块来获取这些属性。在

Answer 1

正如这个1答案中提到的，BioPython 2为解析.pdb文件提供了支持

Answer 2

汗腺性（每种AA）可在以下方面找到：

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
      'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
      'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
      'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

我想你得加上所有的氨基酸值，然后得到总体的憎恶性。在

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

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您可以使用GROMACs（http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html）来获取其他两个参数。查看C源代码（https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp），这些参数远不是显而易见的计算。在

我会用一个subprocess.Popen()来包装gmx_sasa，然后得到结果。在