生物赛顿Entrez.read公司（）不工作

Question

我正在使用Biopython软件包，但它的一个功能有问题。我严格按照文件包（here）进行操作：

这就是我所尝试的：

from Bio import Entrez
Entrez.email = "myemail@myuniversity"
handle = Entrez.einfo(db = "pubmed")
record = Entrez.read(handle)

我得到了这个错误

^{pr2}$

所以我按照翻译的建议做了以下事情：

record = Entrez.read(handle, validate = False)

这是我得到的错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Entrez/__init__.py", line 367, in read
    record = handler.read(handle)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Entrez/Parser.py", line 194, in read
    raise NotXMLError(e)
Bio.Entrez.Parser.NotXMLError: Failed to parse the XML data (syntax error: line 1, column 0). Please make sure that the input data are in XML format.  

你知道为什么这样不行吗？在

Answer 1

我刚刚解决了这个问题。基本上，在我这么做之后

from Bio import Entrez
Entrez.email = "myemail@myuniversity"
handle = Entrez.einfo(db = "pubmed")
record = Entrez.read(handle)

它给出了错误，我是直接打电话给你的

^{pr2}$

因为它仍然处于“错误状态”，所以它将不起作用，所以应该重新声明handle，它应该是这样工作的：

handle = Entrez.einfo(db = "pubmed")
record = Entrez.read(handle, validate = False)