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如何在snakemake outpu中执行简单的字符串操作
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<p>我正在创建我的第一个snakemake文件,我需要对我的<code>output</code>的值执行一个简单的字符串操作,以便我的<code>shell</code>命令按预期工作:</p> <pre><code>rule sketch: input: 'out/genomes.txt' output: 'out/genomes.msh' shell: 'mash sketch -l {input} -k 31 -s 100000 -o {output}' </code></pre> <p>我需要将<code>split</code>函数应用于<code>{output}</code>,以便只使用扩展名之前的文件名。我在文件和相关问题中找不到任何东西。在</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>您可以在shell命令中删除扩展名</p> <pre><code>rule sketch: input: 'out/genomes.txt' output: 'out/genomes.msh' shell: 'mash sketch -l {input} -k 31 -s 100000 -o $(echo "{output}" | sed -e "s/.msh//")' </code></pre>
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