系统发育树着色

Question

我已经建立了一个由我所拥有的酶序列组成的系统进化树。我有一个简单的格式，只有分数显示，没有颜色。现在我得到的序列是限制性酶，每个都有一个motif。我想给有相似motifs的酶分支着色。昨天的大部分时间我都在看能帮我做到这一点的不同软件，但最终还是搞不懂。我想知道一个好的工具，它可以采用newick格式的树或者接受{}信息。并将允许我传授基于相似图案的颜色。

我遇到了这个工具：http://etetoolkit.org/，但它需要大量的依赖库，这些库又具有依赖关系，很少或根本没有安装错误的文档。在

我使用BioPython库中的Phylo类来开发树。我使用以下命令生成包含分数的树：

Phylo.draw(tree,branch_labels=lambda c: c.branch_length)

Answer 1

FigTree（http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/）是一个允许定制颜色的系统发生树查看器。在

我不清楚你怎么知道哪个酶有哪个基序。如果这些信息不是内置的，那么在构建树之前，您可能需要对每个序列进行注释，这样您就可以在FigTree中按标签进行搜索。在

（请注意，如果您只想显示没有motif的酶名，您仍然可以采用这种方法，然后手动编辑.nwk文件，保留颜色信息，但去掉注释。）