如何从代表环肽的字符串中生成子肽（特殊组合）？

Question

我的问题是：我有一个代表一个环状肽的序列，我试图创建一个能产生所有可能的亚肽的功能。当两个氨基酸之间的键被破坏时，就会产生一个亚肽。例如：对于肽“ABCD”，它的子肽是“A”、“B”、“C”、“D”、“AB”、“BC”、“CD”、“DA”、“ABC”、“BCD”、“CDA”、“DAB”。因此，长度为n的肽的可能的亚肽量将始终为n*（n-1）。注意，不是所有的都是肽（'DA'，'CDA'…）的子串。在

我写了一个生成组合的代码。但也有一些过量的元素，如不连氨基酸（‘AC’、‘BD’…）。有人能告诉我怎样才能消除这些，因为每次调用这个功能时肽的长度可能不同？以下是我目前所掌握的情况：

def Subpeptides(peptide): 
    subpeptides = []
    from itertools import combinations
    for n in range(1, len(peptide)):
        subpeptides.extend(
    [''.join(comb) for comb in combinations(peptide, n)]
    )
    return subpeptides

以下是肽“ABCD”的结果：

^{pr2}$

氨基酸的顺序并不重要，如果它们代表一个真正的肽序列。例如，“ABD”是“DAB”的有效形式，因为D和a在环肽中有键。在

我用的是Python。在

Answer 1

你可以用这个

>>>aa='ABCD'
>>> F=[]
>>> B=[]
>>> for j in range(1,len(aa)+1,1):
for i in range(0,len(aa),1):
    A=str.split(((aa*j)[i:i+j]))
    B=B+A
    C=(B[0:len(aa)*len(aa)-len(aa)+1])

它给你：

C=['A'、'B'、'C'、'D'、'AB'、'BC'、'CD'、'DA'、'ABC'、'BCD'、'CDA'、'DAB'、'ABCD']

我希望这有帮助，顺便说一句，我也在做coursera课程，如果有兴趣的话，请告诉我

Answer 2

可能更容易生成它们：

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            print(looped[start:start+length])

它给出了：

^{pr2}$

（如果您想要一个列表而不是打印，只需将print(...)更改为yield ...，您就有了一个生成器）。在

上面所做的只是列举第一个键可能断裂的不同位置，然后是在一个、两个或三个（在这种情况下）酸之后下一个键断裂时，你会得到不同的产物。looped只是一种简单的避免“循环”逻辑的方法。在

Answer 3

上学期没来 你可以使用下面的代码

def subpeptides(peptide):
    l = len(peptide)
    ls=[]
    looped = peptide + peptide
    for start in range(0, l):
        for length in range(1, l):
            ls.append( (looped[start:start+length]))
    ls.append(peptide)
    return ls