我尝试使用PyOpt运行一些并行优化。棘手的部分是,在我的目标函数中,我想使用MPI运行C++代码。在
我的python脚本如下:
#!/usr/bin/env python
# Standard Python modules
import os, sys, time, math
import subprocess
# External Python modules
try:
from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
myrank = comm.Get_rank()
except:
raise ImportError('mpi4py is required for parallelization')
# Extension modules
from pyOpt import Optimization
from pyOpt import ALPSO
# Predefine the BashCommand
RunCprogram = "mpirun -np 2 CProgram" # Parallel C++ program
#########################
def objfunc(x):
f = -(((math.sin(2*math.pi*x[0])**3)*math.sin(2*math.pi*x[1]))/((x[0]**3)*(x[0]+x[1])))
# Run CProgram
os.system(RunCprogram) #where the mpirun call occurs
g = [0.0]*2
g[0] = x[0]**2 - x[1] + 1
g[1] = 1 - x[0] + (x[1]-4)**2
time.sleep(0.01)
fail = 0
return f,g, fail
# Instantiate Optimization Problem
opt_prob = Optimization('Thermal Conductivity Optimization',objfunc)
opt_prob.addVar('x1','c',lower=5.0,upper=1e-6,value=10.0)
opt_prob.addVar('x2','c',lower=5.0,upper=1e-6,value=10.0)
opt_prob.addObj('f')
opt_prob.addCon('g1','i')
opt_prob.addCon('g2','i')
# Solve Problem (DPM-Parallelization)
alpso_dpm = ALPSO(pll_type='DPM')
alpso_dpm.setOption('fileout',0)
alpso_dpm(opt_prob)
print opt_prob.solution(0)
我使用以下方法运行代码:
^{pr2}$但是,我得到了以下错误:
[user:28323] *** Process received signal ***
[user:28323] Signal: Segmentation fault (11)
[user:28323] Signal code: Address not mapped (1)
[user:28323] Failing at address: (nil)
[user:28323] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3ccfc0f500]
[user:28323] *** End of error message ***
我发现两个不同的mpirun
调用(调用python脚本的调用和脚本中的调用)是相互冲突的。
有什么线索可以解决这个问题吗?在
谢谢你!!在
请参见Calling mpi binary in serial as subprocess of mpi application:最安全的方法是使用^{} 。以this manager-worker example为例。在
一个快速的解决方法是使用}。要查看这些环境变量,请在mpi4py代码和基本pythonshell中键入
^{1}$subprocess.Popen
,如@EdSmith所示。但是,请注意,subprocess.Popen
的默认行为使用父环境。我的猜测是os.system()
也是一样的。不幸的是,mpirun会根据MPI实现添加一些环境变量,例如OMPI_COMM_WORLD_RANK
或{import os ; print os.environ
。这些环境变量可能导致子进程失败。所以我不得不加上一行来除掉它们…这相当脏。。。归根结底是:完成测试代码,由
^{pr2}$mpirun -np 2 python opti.py
运行:Basic worker,由
mpiCC main.cpp -o main
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