Python在大列表中查找kmers

Question

如何修改下面的代码，使其不包含单个字符串作为输入，而是包含一系列字符串作为输入？我在试着找出一系列DNA序列的所有Kmer。在

def kmer_count(dna, k):
    f = {}
    for x in range(len(dna)+1-k):
        kmer = dna[x:x+k]
        f[kmer] = f.get(kmer, 0) + 1
    return(f)

我的意见：

^{pr2}$

显然，由于实际原因，我不能连续地为函数kmer_count逐个分配每个字符串（我的列表很大）。在

Answer 1

可以使用多参数传递（*args）将多个参数传递给函数，并使用yield返回包含所有字典的生成器：

def kmer_count(k,*args):
  f = {}
  for dna in args: 
    for x in range(len(dna)+1-k):
        kmer = dna[x:x+k]
        f[kmer] = f.get(kmer, 0) + 1
    yield(f)

如果您想以列表形式获得结果，可以使用list将迭代器转换为列表：

^{pr2}$

但是作为一种更具Python式的方式，你可以使用itertools.islice和{}：

^{3}$