我试图根据Python中的全局对齐算法(或Needleman–Wunsch algorithm)绘制一个矩阵。在
我不知道matplotlib是否是这种情况下的最佳工具。我试图使用Bokeh,但是它的结构很难像我想要的那样适合一个矩阵。在
我使用Bio.SeqIO(BioPython的标准序列输入/输出接口)来存储两个序列。在
我要得到与此图像相似的结果:
在Matplotlib中可以吗?我怎么能做到呢?在
更新
最后,我能够根据ImportanceOfBeingErnest给出的答案构造算法。结果如下:
下面是这个实现的要点:plot_needleman_wunsch.py
这是整个项目(正在进行的工作):bmc-sequence-alignment
对于在问题中放置箭头的算法没有明确的描述;因此,这个答案集中在matplotlib中处理类似绘图的方法。在
{a1}
这里的想法是将数字放在绘图中的整数位置,并在
n+0.5
处绘制次要网格线,以获得类似于表格的外观。箭头在4列数组中定义的位置之间绘制为注释(前2列:箭头开始的x和y,第3列和第4列:箭头结束的x,y)。在相关问题 更多 >
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