我在混乱的代码配置中完美地使用了multiprocessing
。我决定对我的代码进行一些排序,并将其作为一个类重新编写,这样我就可以轻松地更改输入,我的新代码如下:
class LikelihoodTest:
def __init__(self,Xgal,Ygal):
self.x=Xgal
self.y=Ygal
self.objPosition=gal_pos
self.beta_s=beta
self.RhoCrit_SigmaC=rho_c_over_sigma_c
self.AngularDiameter=DA
self.RhoCrit=rho_crit
self.Reducedshear=observed_g
self.ShearError=g_err
#The 2D function
def like2d(self,posx, posy):
stuff=[self.objPosition, self.beta_s, self.RhoCrit_SigmaC , self.AngularDiameter, self.RhoCrit]
m=4.447e14
c=7.16
param=[posx, posy, m, c]
return reduced_shear( param, stuff, self.Reducedshear, self.ShearError)
def ShearLikelihood(self):
n=len(self.x)
m=len(self.y)
shared_array_base = multiprocessing.Array(ctypes.c_double, n*m)
shared_array = np.ctypeslib.as_array(shared_array_base.get_obj())
shared_array = shared_array.reshape( n,m)
#Restructure the function before you create instance of Pool.
# Parallel processing
def my_func(self,i, def_param=shared_array):
shared_array[i,:] = np.array([float(self.like2d(self.x[j],self.y[i])) for j in range(len(self.x))])
while True:
try:
print "processing to estimate likelihood in 2D grids......!!!"
start = time.time()
pool = multiprocessing.Pool(processes=10)
pool.map(my_func, range(len(self.y)))
print shared_array
end = time.time()
print "process time:\n",end - start
pool.close()
except ValueError:
print "Oops! value error!"
return shared_array
def plotLikelihood(self,shared_array):
#plotting on a mesh the likelihood function in order to see whether you have defined the inputs correctly and you can observe the maximum likelihood in 2D
# Set up a regular grid of interpolation points
xi, yi = np.linspace(self.x.min(), self.x.max(), 100), np.linspace(self.y.min(), self.y.max(), 100)
# Interpolate
rbf = scipy.interpolate.interp2d(self.x, self.y,shared_array , kind='linear')
zi = rbf(xi, yi)
fig, ax = plt.subplots()
divider = make_axes_locatable(ax)
im = ax.imshow(zi, vmin=shared_array.min(), vmax=shared_array.max(), origin='lower',
extent=[self.x.min(), self.x.max(), self.y.min(),self.y.max()])
ax.set_xlabel(r"$Xpos$")
ax.set_ylabel(r"$Ypos$")
ax.xaxis.set_label_position('top')
ax.xaxis.set_tick_params(labeltop='on')
cax = divider.append_axes("right", size="5%", pad=0.05)
cbar = fig.colorbar(im,cax=cax, ticks=list(np.linspace(shared_array.max(), shared_array.min(),20)),format='$%.2f$')
cbar.ax.tick_params(labelsize=8)
plt.savefig('/users/Desktop/MassRecons/Likelihood2d_XY_Without_Shear_Uncertainty.pdf', transparent=True, bbox_inches='tight', pad_inches=0)
plt.close()
尝试使用类配置运行它时出现以下错误:
^{pr2}$有什么办法解决吗?在
不能使用Pickle将函数或方法传递给不同的进程,但可以传递字符串。在
您可以维护一个方法字典,并通过它们的字符串键引用这些方法。这不是很优雅,但解决了问题。在
编辑: 当您使用多处理时,有一个隐式的“fork”。这将创建多个没有共享资源的独立进程,因为这样,传递给另一个进程的每个东西都必须用Pickle序列化。问题是pickle不允许序列化可执行代码以将其发送到另一个进程。在
我终于可以想出如何在我的类中使用
multiprocessing
工作。我使用pathos.multiprocessing
并将代码更改如下:现在它就像一个魔咒!:)
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