从rpy2导入robobjects时获取分段错误核心转储错误

Question

手动安装R和rpy2

安装成功，但出现上述错误。请帮帮我？在

一些有用命令的输出：

>>> import rpy2
>>> rpy2.__path__
['/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2']
>>> import rpy2.robjects
cannot find system Renviron
/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux- x86_64.egg/rpy2/rinterface/__init__.py:185: RRuntimeWarning: Fatal error: unable to open the base package


warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
Segmentation fault (core dumped)

提前谢谢。。在

Answer 1

如果您通过conda安装rpy2，并且在同一台机器上安装了R（例如使用RStudio），则将使用系统的R安装。由于这个R版本与rpy2所需的版本不匹配，因此会出现分段错误。在

1）删除R（see here）的所有现有系统安装。请确认您没有安装R:

$>which R
R not found

2）在.rc文件中定义R_HOMEenv变量：

^{pr2}$

或者在python项目中动态地：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'