pymatgen绘图

2024-03-29 09:42:04 发布

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我试图用pymatgen绘制DOS(状态密度),但我无法使其工作。第一次在python中遇到self和{}函数,所以我不知所措。在

这个link解释了具有我需要的函数的包(我需要使用类CompleteDosget_site_t2g_eg_resolved_dos(site)部分)。这个link有这些函数的源代码。看看网上找到的examples我做了这段代码

from pymatgen.electronic_structure.dos import CompleteDos
from pymatgen.electronic_structure.plotter import DosPlotter
from pymatgen.electronic_structure.core import Spin, Orbital

data = CompleteDos.get_site_t2g_eg_resolved_dos
plot = DosPlotter(data)
plot.get_plot(-5,5).show()

该代码返回一个错误,我确信这是因为函数get_site_t2g_eg_resolved_dos没有正确使用。在

即使您不知道pymatgen提供的链接,我认为您可以帮助我正确地使用函数,我将非常感谢。提前谢谢!在


编辑:我现在尝试的代码是什么样子的,请两个都留下,因为我不确定我是否正确地执行了操作。在

^{pr2}$

输出错误:

Traceback (most recent call last):
  File "t2g2g.py", line 21, in <module>
    data= a.get_site_t2g_eg_resolved_dos(structure)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pymatgen/electronic_structure/dos.py", line 351, in get_site_t2g_eg_resolved_dos
    for s, atom_dos in self.pdos.items():
AttributeError: 'list' object has no attribute 'items'

Tags: 函数代码fromimportdatagetsitestructure
1条回答
网友
1楼 · 发布于 2024-03-29 09:42:04

如果你还没有放弃这里就是解决办法

from pymatgen.electronic_structure.dos import CompleteDos
from pymatgen.electronic_structure.plotter import DosPlotter
from pymatgen.electronic_structure.core import Spin, Orbital
from pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun, Procar
from pymatgen.core.ion import Ion

vasprun = Vasprun("./vasprun.xml")

pdos = vasprun.pdos
tdos = vasprun.tdos
efermi = vasprun.efermi
energy = vasprun.eigenvalues
structure = vasprun.structures




data = vasprun.complete_dos.get_site_t2g_eg_resolved_dos(vasprun.structures[0][0])
plot = DosPlotter()
plot.add_dos("t2g",data['t2g'])

plot.show()

您需要指定站点和模式(t2g/eg)才能绘图。在

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