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用BioPython基于序列过滤FASTA文件
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<p>我有一个fasta文件。从该文件中,我需要获取序列的末尾和/或开始处只包含<code>GTACAGTAGG</code>和{<cd2>}的序列,并将它们放入一个新的fasta文件中。下面是一个例子:</p> <pre><code>>m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/2516_3269 ***GTACAGTAGG***GTACACACAGAACGCGACAAGGCCAGGCGCTGGAGGAACTCCAGCAGCTAGATGCAAGCGACTA TCAGAGCGTTGGGTCCAGAACGAAGAACAGTCACTCAAGACTGCTTT***CAACGGTTTTGCC*** >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/3312_3597 CGCGGCATCGAATTAATACGACTCACTATAGGTTTTTTTATTGGTATTTTCAGTTAGATTCTTTCTTCTTAGAGGGTACA GAGAAAGGGAGAAAATAGCTACAGACATGGGAGTGAAAGGTAGGAAGAAGAGCGAAGCAGACATTATTCA >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/3708_4657 ***CAACGGTTTTGCC***ACAAGATCAGGAACATAAGTCACCAGACTCAATTCATCCCCATAAGACCTCGGACCTCTCA ATCCTCGAATTAGGATGTTCTCCCCATGGCGTACGGTCTATCAGTATATAAACCTGACATACTATAAAAAAGTATACCAT TCTTATCATGTACAGTAGG***GTACAGTAGG*** >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/4704_5021 ***GTACAGTAGG***GTGGGAGAGATGGCAGAAAGGCAGAAAGGAGAAAGATTCAGGATAACTCTCCTGGAGGGGCGAG GTGCCATTCCCTGTGGTCACTTATTCTAAAGGCCCCAACCCTTCAAC***CAACGGTTTTGCC*** >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/8/4223_4358 AAATATTGGGTCAAAGAACCGTTACTTTTCTTATATATGCGGCGCGAGGTTTTATATACTGATAAGAACCTACGCCATGG GACATCTAATTCAGAGGGAAGAAGGTCCATGTCTGTTTGGATGAAATTGAGTCTG </code></pre> <p>(添加<code>*</code>以突出显示)</p> <p>我需要一些方法来获取在序列的末尾和/或开始处只包含GTACAGTAGG和caacggtttgcc的序列,并将它们放在一个新的fasta文件中。我对这个很陌生。我甚至不知道是否能做到。提前感谢您的帮助。在</p>
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1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>Python在字符串中内置了一个名为startswith()的方法,还有一个名为endswith()的方法。所以你可以测试它是从一个开始到另一个结束,反之亦然。在</p>
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