如何在python中串接swig矩阵对象

Question

我使用openbabel的SWIG包装器（用C++编写，并通过SWIG提供Python包装）

下面我用它来读取一个分子结构文件，得到它的unitcell属性。在

import pybel
for molecule in pybel.readfile('pdb','./test.pdb'):
    unitcell = molecule.unitcell
    print unitcell
   |..>     
   |..>     
<openbabel.OBUnitCell; proxy of <Swig Object of type 'OpenBabel::OBUnitCell *' at 0x17b390c0> >

unitcell具有函数CellMatrix（）

^{pr2}$

OpenBabel:：matrix3x3类似于：

1 2 3
4 5 6
7 8 9

我想知道如何打印出矩阵3*3的内容。我试过__str__和{}。在

有没有一种通用的方法可以用python编写swing包装的矩阵的内容？在

谢谢

Answer 1

对于@jhoon的回答，SWIG似乎无法识别std:：string返回类型，因此将函数更改为returnconstchar*。另外，由于它是类之外的函数，因此不能使用self，但必须使用SWIG的$self变量。在

因此，在SWIG.i文件中，如果您将以下内容放入：

%extend OpenBabel::matrix3x3 {
  const char* __str__() {
    std::ostringstream out;
    out << *$self;
    return out.str().c_str();
  }
};

在matrix3x3上调用Python的print时，应该会得到所需的结果。在

如果您发现自己正在将其添加到许多类中，请考虑将其包装在一个宏中，如：

^{pr2}$

然后将其添加到类中：

%extend OpenBabel::matrix3x3 {
  __STR__()
};

Answer 2

根据这个openbabel文档，Python绑定没有提供打印matrix3x3 object的好方法是有原因的。^ {CD2>} C++类重载^ {< CD3>}运算符，SWIG将简单地忽略：

http://openbabel.org/api/2.2.0/classOpenBabel_1_1matrix3x3.shtml

这意味着需要修改SWIG接口文件（查看http://www.swig.org/Doc1.3/SWIGPlus.html#SWIGPlus_class_extension），以将^ {< CD4>}方法添加到C++中，其中^ {CD5>}包括^ {< CD3>}运算符。你的方法看起来很像

std::string __str__() {
  //make sure you include sstream in the SWIG interface file
  std::ostringstream oss(std::ostringstream::out);
  oss << (*this);
  return oss.str();
}

我相信Syg在这种情况下将正确地处理C++的返回类型^ {< CD7>}，但是如果不是，你可能需要回退一个字符数组。在

此时，您应该能够重新编译绑定，并重新运行Python代码。在^ {{CD2}}对象上调用^ {< CD8}}现在应该显示在C++中用^ {< CD3}}操作符显示的内容。在