使用scipy.weave.inline快速二维中值滤波

Question

我有一个瓶颈在一个2D中值滤波器（3x3窗口）我使用了一个非常大的图像集，我想尝试和优化它。我测试了scipy.ndimage中值滤波器，以及PIL，scipy.signal和{}。然而，在浏览中我了解到在C中有一个快速的O（n）中值过滤器（在恒定时间内的中值过滤请参见Rolling median algorithm in C），我想知道是否可以使用scipy.weave.inline? 有没有其他路线的建议？在

Answer 1

我不知道底层的算法，但是scikits映像有一个rolling median filter。在

否则，我建议用Cython（C/Python-pidgin语言）编写它。请务必查看使用numpy数组的convolution example/tutorial。在

Answer 2

试试这个： Rolling median in C - Turlach implementation

http://ideone.com/8VVEa

用法：

Mediator* m = MediatorNew(9);
for (...)
{
      MediatorInsert(m, value);
      median = MediatorMedian(m);
}

我相信这和R算法是一样的，但更干净（事实上，令人惊讶的是）。在

你可以包装它，或者移植它并使用Numba（或Cython）。我想我会推荐Numba而不是Cython，因为它是一个普通的python代码。在

我建议将其添加到scikits中，如果它比scikits中的运行速度更快：）

Answer 3

如果你还感兴趣，我可以试试纽比的整形和中位数：

a= some big array
a.reshape(N,3,3) #N being specific to your array
[numpy.median(m) for m in a]

我不知道与你的testet方法相比，这是如何伸缩的，但是如果你想用C来优化，你可以在列表理解中固定for循环。。。在