Python中文
首页
教程
问答
标签
搜索
登录
注册
IOError:无法读取数据(无法打开目录)缺少gzip压缩fi
回答此问题可获得
20
贡献值,回答如果被采纳可获得
50
分。
<p>我以前从未使用过HDF5文件,为了开始使用,我收到了一些示例文件。我用<code>h5py</code>检查了所有的基础知识,查看了这些文件中的不同组,它们的名称、键、值等等。一切正常,直到我想查看保存在组中的数据集。我得到了它们的<code>.shape</code>和<code>.dtype</code>,但是当我尝试通过索引访问一个随机值时(例如<code>grp["dset"][0]</code>),我得到了以下错误:</p> <pre><code>IOError Traceback (most recent call last) <ipython-input-45-509cebb66565> in <module>() 1 print geno["matrix"].shape 2 print geno["matrix"].dtype ----> 3 geno["matrix"][0] /home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/<a href="https://www.cnpython.com/pypi/dataset" class="inner-link">dataset</a>.pyc in __getitem__(self, args) 443 mspace = h5s.create_simple(mshape) 444 fspace = selection._id --> 445 self.id.read(mspace, fspace, arr, mtype) 446 447 # Patch up the output for NumPy /home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/h5d.so in h5py.h5d.DatasetID.read (h5py/h5d.c:2782)() /home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_proxy.so in h5py._proxy.dset_rw (h5py/_proxy.c:1709)() /home/sarah/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_proxy.so in h5py._proxy.H5PY_H5Dread (h5py/_proxy.c:1379)() IOError: Can't read data (Can't open directory) </code></pre> <p>我在<a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/h5py/m_Sqt2qZNQk" rel="nofollow">h5py Google group</a>上发布了这个问题,有人建议在我没有安装的数据集上可能有一个过滤器。但HDF5文件仅使用gzip压缩创建,据我所知,这应该是一个可移植的标准。<br/> 有人知道我可能会错过什么吗?我甚至在任何地方都找不到这个错误或类似问题的描述,文件,包括有问题的数据集,都可以用HDFView软件轻松打开。在</p> <p><strong>编辑</strong><br/> 显然,发生此错误是因为,由于某种原因,gzip压缩过滤器在我的系统上不可用。如果我尝试使用gzip压缩创建一个示例文件,则会发生以下情况:</p> ^{pr2}$ <p>有人有这方面的经验吗?HDF5库和h5py包的安装似乎没有出问题。。。在</p>
0 条评论
分类:
Python问答
请先
登录
后评论
默认排序
时间排序
1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>不能只是评论-声誉太低。在</p> <p>我也有同样的问题,只需运行“conda update anaconda”,问题就消失了。在</p>
请先
登录
后评论
针对此问题:
更多的回答
关注
89
关注
收藏
1
收藏,
216
浏览
网友 提问于 2天前
相关Python问题
plt.savefig不会覆盖现有文件
7 回答
plt.savefig不保存图像
8 回答
plt.savefig在jupyter笔记本中不起作用
10 回答
plt.savefig在从另一个fi调用时停止工作
4 回答
plt.savefig在调用plt.show之前保存空数字
3 回答
plt.save不创建png文件
7 回答
plt.scatter overlay分类数据帧列
3 回答
Plt.Scatter:如何添加title、xlabel和ylab
5 回答
plt.scatter()绘图与Matplotlib中的plt.plot()绘图类似
7 回答
plt.scatter错误'NoneType'对象在成功运行后没有属性'sqrt'
6 回答
plt.set_title()中的标题字符串有误
6 回答
plt.show()
8 回答
plt.show()不在Jupyter笔记本上渲染任何内容
10 回答
plt.show()不打印plt.plot only plt.scatter
9 回答
plt.show()不显示三维散射图像
7 回答
plt.show()不显示任何内容
9 回答
plt.show()不显示数据,而是保留它供下一个图表使用(spyder)
7 回答
plt.show()使终端挂起
6 回答
plt.show()无法使用此代码
5 回答
plt.show()没有打开新的图形风
1 回答