Snakemake：在一条规则中，在每个输入文件之前插入样本名称

Question

我正在尝试为生物信息学工具FMAP创建一个规则文件https://github.com/jiwoongbio/FMAP

我一直在为FMAP_table.pl脚本创建规则。这是我目前的规则：

rule fmap_table:
    input:
        expand(str(CLASSIFY_FP/"mapping"/"{sample}_abundance.txt"), sample=Samples.keys())
    output:
        str(CLASSIFY_FP/'mapping'/'abundance_table.txt')
    shell:
        """
        perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl {input} > {output}
        """

我希望我的列名只包含示例名，而不是整个路径。这可以在这样的脚本中完成

perl FMAP_table.pl [options] [name1=]abundance1.txt [[name2=]abundance2.txt [...]] > abundance_table.txt 

我的问题是如何为每个样本文件选择样本名称、样本路径以及在两者之间添加=

我的样本命名如下SAMPLE111_S1_funtity.txt这是我希望自动实现的格式：

perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl SAMPLE111_S1 = SAMPLE111_S1_abundance.txt SAMPLE112_S2 = SAMPLE112_S2.abundance.txt [etc.] > abundance.txt"

谢谢

Answer 1

我可能会添加一个参数来构建它，也可能会在dict外部构建文件名：

FMAP_INPUTS = {sample: str(CLASSIFY_FP/"mapping"/"{sample}_abundance.txt")
               for sample in Samples.keys()}

rule fmap:
    input: FMAP_INPUTS.values()
    output:
        str(CLASSIFY_FP/'mapping'/'abundance_table.txt')
    params:
        names=" ".join(f"{s}={f}" for s,f in FMAP_INPUTS.items())
    shell:
        """
        perl /media/data/FMAP/FMAP_table.pl {params.names} > {output}
        """