我编写了一个脚本来训练神经网络使用.nii文件作为输入,使用TensorFlow这里的教程https://www.tensorflow.org/tutorials/load_data/images。我稍微修改了它以处理NiBabel和.nii文件,但它仍然遵循相同的基本结构。然而,我遇到了一个问题,我的损失收敛到0.6931,我假设这是因为无论输入、图像形状或批量大小,模型开始猜测相同的东西。因此,我认为模式不是学习。任何人都可以识别我的代码中的致命缺陷;我已经累了:
# Gets the label of the image, the label determines how tensorflow will classify the image
def get_label(file_path):
# Convert the path to a list of path components
parts = tf.strings.split(file_path, os.path.sep)
# The fourth last is the class-directory
return float(parts[-4] == "class1")
# Reads the data from a .nii file and returns a NumPy ndarray that is compatible with tensorflow
def decode_img(img):
img = nib.load(img.numpy().decode('utf-8'))
# convert the compressed string to a NumPy ndarray
data = img.get_fdata()
# Resize img
data = np.resize(data, imgshape)
# Normalize
max = np.amax(data)
min = np.amin(data)
data = ((data-min)/(max-min))
return data
# Processes a path to return a image data and label pair
def process_path(file_path):
# Gets the files label
label = get_label(file_path)
img = decode_img(file_path)
return img, label
我使用这些函数来处理我的数据,并将其映射到我的列表文件数据集来处理我的数据
def configure_for_performance(ds):
#ds = ds.cache(filename='cachefile')
ds = ds.cache()
ds = ds.shuffle(buffer_size=1000)
ds = ds.repeat()
ds = ds.batch(BATCH_SIZE)
ds = ds.prefetch(buffer_size=tf.data.experimental.AUTOTUNE)
return ds
我直接从TensorFlow教程中提取了这个
# Create a sequential network
model = tf.keras.Sequential([
tf.keras.layers.Convolution3D(
4, 4, padding='same', data_format="channels_last", input_shape=imgshape, activation='tanh'),
tf.keras.layers.MaxPooling3D(padding='same'),
tf.keras.layers.Dropout(0.2),
tf.keras.layers.Convolution3D(4, 4, padding='same', activation='tanh'),
tf.keras.layers.MaxPooling3D(padding='same'),
tf.keras.layers.Dropout(0.2),
tf.keras.layers.Convolution3D(4, 4, padding='same', activation='tanh'),
tf.keras.layers.MaxPooling3D(padding='same'),
tf.keras.layers.Dropout(0.2),
tf.keras.layers.Convolution3D(4, 4, padding='same', activation='tanh'),
tf.keras.layers.MaxPooling3D(padding='same'),
tf.keras.layers.Dropout(0.2),
tf.keras.layers.Flatten(),
tf.keras.layers.Dense(2048, activation='tanh'),
tf.keras.layers.Dense(1024, activation='tanh'),
tf.keras.layers.Dense(512, activation='tanh'),
tf.keras.layers.Dense(256, activation='tanh'),
tf.keras.layers.Dense(1, activation='sigmoid')
])
model.compile(optimizer='adam',
loss=tf.keras.losses.BinaryCrossentropy(from_logits=True),
metrics=['accuracy'])
model.summary()
model.fit(
train_ds,
validation_data=val_ds,
epochs=500,
steps_per_epoch=BATCH_SIZE,
validation_steps=BATCH_SIZE
)
这是我的模型,我使用的3dconv与传统图像分类中使用的2D CONV类似
任何建议都将不胜感激
您获取图像的代码看起来不错,但是我无法亲自测试,因为我不确定您的数据是如何存储的。此外,您的模型将开始训练这一事实表明错误可能不在这里。如果要确保可以使用matplotlib显示图像,以确保正确加载图像
首先,我会让你的模型尽可能简单,并且仍然有效,测试它是否仍然收敛到0.6931或其他数字。然后尝试使用不同的激活功能ie relu。另一种方法可能是使用一些批量标准化。我的理论是,在tanh函数中有非常大或非常小的值,这会导致每次输出接近0或1。这也阻止了进一步的训练,因为训练时有很小的坡度。更改为relu可能会绕过大值的问题,但可能不是小值。使用批量归一化将使您的值远离tanh输出仅为0或1的极值
如果您一直在收敛到完全相同的损失,那么根据我的经验,只有一种解释——您对数据加载器的编码不正确。发生的情况是图像和标签不匹配。它试图学习纯粹的随机性。在这种情况下,它只需尽其所能输出“平均”正确答案。我怀疑0.69值来自您的数据标签,例如您有69%的1级和31%的0级
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