我需要获取ete3中树中的节点号
下面是一个树的示例:
rooted_tree = Tree( "((A,B),(C,D));" )
print rooted_tree
#
# /-A
# /---|
# | \-B
#----|
# | /-C
# \---|
# \-D
然后我从这棵树中计算一些东西(对于这个问题来说并不重要),这些东西给我树中每个节点的值,然后我在ggplot树中绘制。但是ggplot tree需要节点号来绘制这些信息,这里的问题是我无法找到代码来获取树的节点号"rooted_tree"
假设我想要A
和B
的祖先的节点号,我如何获得它?我只知道这样做:
ancestor = tree.get_common_ancestor("A","B")
但是像ancestor.num
的ancestor.node_number
这样的东西不起作用
ete树中的所有节点都是对象,它们没有数字,但有一个标记为拓扑透视的哈希ID
您可以通过以下方式访问这些拓扑id:
引用ete3文档:
进一步参考: http://etetoolkit.org/docs/latest/reference/reference_tree.html#get_topology_id
相关问题 更多 >
编程相关推荐