我有一个包含853个图像的大型图像堆栈,每个图像都有尺寸(1177915394)像素和3个通道。图像的深度为8位,并以BigTiff格式保存。我的数据存储在连接到计算机的外部SSD上。 我想做的是根据初始值改变一些像素的值。因为我无法将整个堆栈加载到内存中,所以我使用tiffile.memmap来内存映射我要调查和更改的像素
下面是我的代码的一个简单示例:
import numpy as np
from tifffile import memmap
memmap_img_HSV = memmap('img_HSV.tif', mode='r') #original image stack I want to investigate
memmap_img_result = memmap('img_result.tif', mode='r+') #another image which I want to overwrite with the results
img_hue = memmap_img_HSV[:,:,:,0] #first channels of original image
memmap_img_result[:,:,:] = 0 #set all pixels = 0, before I save the results into it
fill_value = 11 #define the variable "fill_value" which will be used later
sigma_list = [] #create a list where I later save coordinates in
array_label = memmap_img_result[z1:z2, y1:y2, x1:x2] #only memmap indicated pixels
array_hue = img_hue[z1:z2, y1:y2, x1:x2]
count = array_label == fill_value #these are the pixels which have already been investigated and replaced by the "fill_value"
orig_value_hue = np.median(array_hue[count]) #determine the median value of the pixel values from "count"
org = memmap_img_result[zv1:zv2, yv1:yv2, xv1:xv2] #original values of the investigated pixels
if (orig_value_hue+1) < 10: #condition, which pixels should be replaced with "fill_value": the rest stays how it was before
res = np.where((memmap_img_HSV[zv1:zv2, yv1:yv2, xv1:xv2] == 0), fill_value, org)
if (orig_value_hue+1) < 10: #another condition; if this is True, write the coordinates into list
res_sigma = np.argwhere(memmap_img_HSV[zv1:zv2, yv1:yv2, xv1:xv2] == 1)
if len(res_sigma)>0:
sigma_list.append([zv1,yv1,xv1])
sigma_list = np.asarray(sigma_list[1])
if len(sigma_list[sigma+1])>0:
np.savetxt('list.txt', np.column_stack([sigma_list[1]]))
memmap_img_result.flush()
del memmap_img_HSV
del memmap_img_result
如果代码看起来有点混乱,我道歉;这只是对复杂得多的代码的简化。但我希望,目标会变得清晰
现在我的问题是:当我运行代码时,有时代码会崩溃。在将文件'list.txt'写入磁盘时,我要么收到错误消息“设备上没有剩余空间”,尽管磁盘上有大量可用空间(足以保存列表)。或者我收到错误消息“无效参数:'list.txt'”。此外,SSD在错误消息后显示0 kB大小。我必须先修复磁盘并重新启动,然后才能再次使用磁盘。 我认为这不是memmap的问题,而是将列表保存为文本文件的问题
我已经可以在没有任何错误消息的情况下使用其他(较小的)数据运行代码,但它会在使用这些数据时崩溃。有没有人知道是什么原因导致了这次车祸,或者我可以试试什么
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