我正试图利用基因疾病关联列表来绘制一个颠覆性的图。我假设我根本不知道需要哪种数据类型作为输入,因为大多数示例使用的是人工创建的数据集,数据类型为“int64”
上置图:https://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/upsetplot/latest/upsetplot.pdf和https://pydigger.com/pypi/UpSetPlot
我复制了上面链接中给出的示例,它们工作得很好。当我尝试自己的数据集时,我得到了错误消息:AttributeError:“Index”对象没有属性“levels”
我用作输入的数据是带有布尔信息的数据框(见附件“mydata.png”mydata boolean df)。因此,我将疾病列为列,将基因列为行,然后用布尔语句说明特定基因是否与该疾病相关(如果需要,我可以让这听起来更具计算性)。 在文档或屏幕截图“upsetplot_data_example.png”upsetplot_data_example中可以找到一个有效的示例数据集。文档中提到了一些关于“类别成员资格”的内容,但我不太明白这是什么数据类型
我认为这是一个基本问题,即不理解需要什么“格式”。如果有人知道我需要做什么,请告诉我。我欢迎所有反馈。我不希望有人真的为我编码,但是一些指针会非常有用
谢谢大家
最近发布的Data Format Guide可能会有所帮助。在传入数据帧之前,可能需要将这些布尔列设置为数据帧的索引,尽管最终使用^{} 或^{} 来描述数据可能会更容易
然而,上置图will hopefully make the input format easier in a future version
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