如何在具有jupyter环境的docker容器中安装psi4？

Question

我试图安装psi4在jupyter/minimal-notebook容器中进行量子化学计算

但是，如下面的代码块所示，由于UnsatisfiableError，我无法安装它

(base) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda create -n psi4 python=3.6
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

....
(ellipsis)

(base) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda activate psi4

(psi4) jovyan@17285cef33b0:~/work$ conda install psi4 -c psi4
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: \ 
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed                                                                                                                                                                                                                  

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:

Output in format: Requested package -> Available versions

(psi4) jovyan@17285cef33b0:~/work$ 

它没有显示出什么是不满意的

我不想使用anaconda，因为我需要为anaconda的商业用途付费，我想使用conda forge作为运行psi4的环境。我还想使用docker，因为我想有相同的条件来运行程序

你有什么好办法来解决这个错误吗？ 还是有什么环境可以满足我的愿望

我的环境是Windows 10，我使用的是Docker Desktop WSL 2后端

Answer 1

之前的答案被删除了，因为我刚刚粘贴了我的博客帖子链接。我从我的博客文章中提取了构建的主要步骤，并对其进行了描述

我自己在docker容器上构建并安装了Psi4。我在我的博客上写了一篇关于如何做到这一点的帖子。请参阅以下博文了解更多详细信息

https://solkul.hatenablog.com/entry/2021/04/23/002237

下面是关于如何构建它的主要步骤

基本上，您可以根据这个Psi4 documentation构建它

一,。克隆Psi4存储库

克隆Psi4存储库

(base) root$ git clone https://github.com/psi4/psi4.git
(base) root$ cd psi4

二,。创建新的康达环境

以root用户身份启动bash。Psi4只支持python 3.7，因此我应该为python 3.7创建一个conda环境

(base) root$ conda create -n quantum python=3.7
(base) root$ conda activate quantum
(quantum) root$

三,。安装生成所需的软件包

键入以下命令以安装生成所需的软件包Psi4 documentation列出生成所需的工具和依赖项

(quantum) root$ apt-get update
(quantum) root$ apt-get install -y build-essential cmake clang libssl-dev
(quantum) root$ apt-get install -y libopenblas-base libopenblas-dev
(quantum) root$ conda install -y numpy networkx pint pydantic
(quantum) root$ apt-get install -y libmpfr-dev libeigen3-dev

四,。建造和安装

是时候建房了！键入以下命令以配置并生成生成

(quantum) root /psi4$ mkdir build
(quantum) root /psi4$ cd build
(quantum) root /psi4/build$ cmake ..

让我们建造

(quantum) root /psi4/build$ make -j`getconf _NPROCESSORS_ONLN`

这个构建需要几个小时

生成完成后，键入以下命令以安装它

(quantum) root /psi4/build$ make install

五,。将install directry的lib附加到python导入路径

在默认配置中，二进制文件、include、库等应安装在/usr/local/psi4中。为了将Psi4用作python模块，需要将/usr/local/psi4/lib附加到python导入路径。您还应该在quantum环境中使用Psi4，我刚刚创建了Python3.7环境。您可以通过如下方式每次将directry追加到sys.path来完成此操作

import sys
sys.path.append("usr/local/psi4/lib")

从现在起，您可以导入Psi4

import psi4