第20行Snakemake Missing Missing InputException:缺少规则stringt的输入文件：

Question

我没有成功地为StringTie运行这个小蛇形程序；干运行为“rule stringt”提供了MissingInputException错误，我无法理解这里的问题，因为相同的目录结构适用于不同的snakemake程序

我已经使用“hisat2”生成了bam文件，并位于目录“/alternate\u splice/bam\u out/”中，该目录存储为“bamdir”

snakemake应该能够定位输入文件，因为名称和位置是合适的，但是每次都会抛出一个错误

我确实看了以前的蛇制造相关问题，但是无法解决这个问题。 如果有人能帮我，那就太好了

There are 4 samples: for the wildcards, it takes the list from the directory which has the fastq files

~/alternate_splice/expdata$ ls -ltr
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1306438351 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1185743896 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1896352262 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1730191383 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3215901253 Mar 25 10:28 BREAST_817_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3396212102 Mar 25 10:36 BREAST_817_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3633768287 Mar 25 10:45 BREAST_792_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3932340643 Mar 25 10:54 BREAST_792_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz

这里的蛇档案： “bamdir”=bam输出目录 “geneGTF”=查找GFT文件

两条规则：1。斯特林特2。合并

 (SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/expdata/{sample}_1.fastq.gz")
#(SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/bam_out/{sample}.bam")
 bamdir = "/home/shivani/alternate_splice/bam_out/"
 refere_genome = "/home/shivani/ccb1_shivani/hisat2_trans_bam/hisat2_index/"
 geneGTF = "/home/shivani/stringtie_run/Homo_sapiens.GRCh37.87.gtf"

rule all:
        input:
               expand(bamdir+"{sample}_transcript.gft",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_abundance.tsv",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_coverage.gtf",sample=SAMPLE)
               expand(bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf",sample=SAMPLE)


rule stringt:
        input:
                bm=bamdir+"{sample}.bam",
                gtf=geneGTF,
                tname="{sample}"
        output:
                tscripts=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
                abund=bamdir+"{sample}_abundance.tsv",
                cov=bamdir+"{sample}_coverage.gtf"
        shell:
                """stringtie -p 4 -e -c 3.5 -G {input.gtf} -o {output.tscripts} -A {output.abund} -C {output.cov} -l {sample}{input.bm}"""


rule merge:
       input:
               trnsgtf=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
               ggtf=geneGTF
       output :bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf"
       shell:"stringtie -p 4 --merge -G {input.ggtf} -o {output} {input.trnsgtf}"

这个蛇行的试运行：我没有使用“蛇行文件”作为指定名称，而是使用了“stringtie_trans”

snakemake -n -r -s stringtie_trans

结果如下：

MissingInputException in line 20 of /home/shivani/alternate_splice/stringtie_trans ::::
Missing input files :::: for rule stringt: BREAST_792_N1_RNA_REP1

Answer 1

作为输入，您有一个名为tname的变量，它没有被使用，我认为它是错误的：

rule stringt:
        input:
            bm=bamdir+"{sample}.bam",
            gtf=geneGTF,
            tname="{sample}"  <  should this be here?