导入不带conda的macos openbabel包装pybel

Question

之前我问过如何为macoshere安装openbabel。现在我还需要安装openbabel python包装程序pybel。我尝试了pip install pybel，然后安装了它。然后，当我在学习教程时

import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")

我得到了以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'

原来其他人也有类似的问题，事实上，我在mailing list中发现，我引用

'I guess you installed pybel via pip install pybel, which is the "wrong" pybel'

然后他们给出了一个pip install openbabel的解决方案，这对于macos是不可能的

A solution是使用conda来安装openbabel，但我没有使用conda，我希望保持这种方式，因此我正在寻找一种不需要conda的解决方案

Answer 1

我找到了解决方案，您可以brew install open-babel然后给出自制python站点包库的路径。对我来说，以下工作：

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

那你可以

import openbabel
from openbabel import pybel

等等

Answer 2

我也有同样的问题。它使用以下代码：

from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymol