我计划使用Python脚本来更改不同的BAM(Binary Alignment Map)文件头。现在我只是测试一个bam文件的输出,但是每次我想检查我的输出时,stdout
不是人类可读的。如何查看脚本的输出?我应该在脚本中使用samtools view bam.file
吗?这是我的密码
#!/usr/bin/env python
import os
import subprocess
if __name__=='__main__':
for file in os.listdir(os.getcwd()):
if file == "SRR4209928.bam":
with open("SRR4209928.bam", "r") as input:
content = input.readlines()
for line in content:
print(line)
因为
BAM
是SAM
的二进制类型,所以在从压缩数据中提取有意义的内容之前,您需要编写知道如何处理压缩数据的内容。不幸的是,您不能仅从该类型的文件中open()
和readlines()
如果您打算自己编写一个模块,则需要读取Sequence Alignment/Map Format Specification
幸运的是,已经有人这样做了,并创建了一个Python模块:您可以继续并签出^{} 。这肯定会让你的生活更轻松
我希望有帮助
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