这是我的代码,但我不太清楚,为什么它不工作,我需要帮助,请。:) 我知道这两个不同的定义在做什么,但我不明白它们为什么不一起工作
TargetFile = open('sampleA.fa')
readTF = TargetFile.read()
Aseq = "".join(readTF.split())
def cMers(Aseq, k):
kFreq = {}
def Aseq(infile):
key = ''
for line in infile:
if line.startswith('>'):
if key:
yield key, val
key, val = line[1:].rstrip().split()[0], ''
elif key:
val += line.rstrip()
if key:
yield key, val
for i in range(0, len(Aseq) - k + 1):
kmer = Aseq[i:i + k]
if kmer in kFreq:
kFreq[kmer] += 1
else:
kFreq[kmer] = 1
return kFreq
rf = cMers(Aseq, 6)
ListRF = [[rf[sequence], sequence] for sequence in rf]
ListRF.sort(reverse=True)
print(ListRF)
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