如何从FASTA文件中删除某些行,然后计算set文件的公里数?

2024-04-25 14:54:01 发布

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这是我的代码,但我不太清楚,为什么它不工作,我需要帮助,请。:) 我知道这两个不同的定义在做什么,但我不明白它们为什么不一起工作

TargetFile = open('sampleA.fa')
readTF = TargetFile.read()
Aseq = "".join(readTF.split())

def cMers(Aseq, k):
kFreq = {} 

def Aseq(infile):
    key = ''
    for line in infile:
        if line.startswith('>'):
            if key:
                yield key, val
            key, val = line[1:].rstrip().split()[0], ''
        elif key:
            val += line.rstrip()
    if key:
        yield key, val

for i in range(0, len(Aseq) - k + 1):

    kmer = Aseq[i:i + k] 
    if kmer in kFreq:
        kFreq[kmer] += 1
    else:
        kFreq[kmer] = 1 
return kFreq


rf = cMers(Aseq, 6)

ListRF = [[rf[sequence], sequence] for sequence in rf] 

ListRF.sort(reverse=True)

print(ListRF)

Tags: keyinforiflinevalsplitsequence

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