在多个区域中存在多个位置

Question

我有一个变异位置文件和一个外显子区域文件

1   242600263 
12  54757526  
11  45853978

外显子区域文件如下所示

1:11861218-11861456 MTHFR-001_2
22:44280101-44280243   PNPLA5-201_7

两个文件都有大约100000行

现在，我将外显子区域文件写入一个字典，使用该区域作为键

当循环遍历变量文件时，检查此位置是否位于外显子字典的任何键中

for i in F1: <- loop through exon file 
    chrpos, exon, check=i
    exondict[chrpos]=exon

for j in F2: <- loop through variant file
    chr=j[0]
    if chr=="11": <- get chr 11 first
        variant=j[1]
        for chrpos in exondict.keys():
            chr, pos= chrpos.split(':')
            start, stop= pos.split('-')
            chr, start, stop
            if int(start)<=int(variant)<=int(stop):
                 newlist=[exondict[chrpos]]+ j
                 W.writerow(newlist)

基本上，我得到了我想要的

只是想知道是否有更优雅的方式来做到这一点

谢谢大家!

例如，可变位置为chr11:108164047，位于11:108164040-108164204 ATM-20131范围内