你好
我目前正在制作一个网站,目的是在一个地方合并所有乳头瘤病毒的信息。
作为工作的一部分,我们正在公共服务器(例如genbank)上管理所有已知文件
我遇到的一个问题是,许多(约50%)已解决的结构没有根据蛋白质编号。
一、 一个亚结构域被结晶(氨基酸310-450),但是结晶学家将其作为残基1-140沉积下来。
我想知道是否有人知道重新编号整个pdb文件的方法。我已经找到了对序列重新编号的方法(由seqres标识),但是这不会更新螺旋线和板材信息。
如果您有任何建议,我将不胜感激…
谢谢
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检查第一个-它应该适合你的需要
我也经常遇到这个问题。在放弃了一个旧的perl脚本之后,我转而使用python进行了实验。这个解决方案假设您已经安装了Biopython、ProDy(http://www.csb.pitt.edu/ProDy/#prody)和EMBOSS(http://emboss.sourceforge.net/)。在
我用了一个乳头瘤病毒PDB条目。在
我是pdb-tools的维护者,这可能是一个可以帮助您的工具。在
我最近修改了应用程序中的^{} 脚本,以提供更大的灵活性。它现在可以
renumber
hetatms和特定的链,并且可以强制残数连续,或者只向所有残基添加用户指定的偏移量。在如果这对你有帮助,请告诉我。在
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