我在dendropy中创建了一个共亨距离矩阵,使用:
from dendropy.simulate import treesim
tree = treesim.birth_death_tree(birth_rate=1.0, death_rate=0.5, ntax=10)
pdm = tree.phylogenetic_distance_matrix()
然而,在阅读了文档并尝试了许多事情之后,我无法以可用的方式从对象“pdm”中提取实际的矩阵
注意,这个类有一个方法as_data_table
,我也无法理解
Tags:
as_data_table()
返回类型为dendropy.utility.container.DataTable
的对象。这个DataTable
是一个定制的容器类,它实现了许多可以用来获取数据的有用方法。你可以在这里阅读源代码来理解它:https://dendropy.org/_modules/dendropy/utility/container.html
通过查看其
_data
变量,您可以非常快速地以您可以理解的格式查看数据:输出:
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