替换fastafile中的headername和文件夹中的filename，并使用单独fi中的字符串

Question

我在做一个生物信息学的研究，在那里我处理一些数据，把一些输出放到一些想要的文件夹里。对于其中两个文件夹（文件和文件夹结构链接在线程末尾），文件夹/文件结构如下所示：

binned/90-20-09-2018/bins/90-20-09-2018.001、90-20-09-2018.002、90-20-09-2018.003等等

binned/90-25-04-2018/bins/90-25-04-2018.001、90-25-04-2018.002、90-25-04-2018.003等等

我知道文件夹的数量，但是文件夹中的文件数量是未知的，并且会有所不同

在另一个名为taxonomy的文件（例如binned/90-20-09-2018/bins/quality/taxonomy.txt）中，是每个箱子的细菌名称表（文件名为90-20-09-2018.001、90-20-09-2018.002等）。如您所见，对于每个bin ID，都有一个对应的分类法

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  Bin Id              # unique markers (of 43)   # multi-copy   Taxonomy                                                                                              
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  90-20-09-2018.001              25                   15        k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli;o__Lactobacillales;f__Lactobacillaceae;g__Lactobacillus          
  90-20-09-2018.003              24                   0         k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli;o__Lactobacillales;f__Streptococcaceae;g__Streptococcus          
  90-20-09-2018.002              15                   0         k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli;o__Lactobacillales;f__Lactobacillaceae_2;g__Lactobacillus_2      
  90-20-09-2018.005              14                   11        k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia;o__Clostridiales;f__Lachnospiraceae                           
  90-20-09-2018.004              12                   0         k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Actinomycetaceae;g__Mobiluncus  
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我需要的是将每个bin文件（90-20-09-2018.001、90-20-09-2018.002等）重命名为相应的分类（属）名称。属名是在“g”之后的名称。所以对于BIN001，应该是“乳酸杆菌”

最后的结果是这样的（对于第一个文件夹）

binned/90-20-09-2018/bins/乳酸杆菌、乳酸杆菌2、链球菌等

我想象这是用Python（我唯一熟悉的编程语言）完成的

此外，我需要将fasta文件的头文件更改为相应的名称（与文件本身的名称相同）。fasta文件的格式如下所示：

>NODE_2_length_62925_cov_23.488138
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTTTTCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAATGAGCGGTG
ACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCGTCTCAAGTTAAAAATCTGCTAGCCAATACTTTACCTA
ATGCTGTCACTTCTCTACTACAATTTTTCGGTGCATTAGTAATTATGATGGCGATGGATTGGCAAATGAC
CTTGATTATGTTTATCGCCGTTCCACTGGTAGTTGTGGCTCTACTCCCAATCATGCAACAATCACGTAAA
ATCGGCCGTAAGCGCCAGGACGAACTAGCCAACTTTTCAAGCGATTCTACCAGTGTTTTAAGCGAAATTA
GATTAGTTAAGTCTTCCAACGGTGAACCAAAAGAGTTAAACGTTGGAAGCAATCGGATTTCTAGCCTCTA
>NODE_89_length_21285_cov_31.129560
GGCTACAAACAAATTGAAGATGAAATTGCTCGCTTAAAGAAGGGTCGTCCACGCAGAATTAAAATTTTGC
AGGCAGCACGTGCGCTCGGCGACCTTTCAGAAAATACGGAATATACTGAAGCTAAGCGTTACTTAGGCAA
ACAATTAAAGTATACGGAAATCGTTGAAACTAAGGACGATGGCAAGGTTGATTTGGGCAAAACCGTTGTC
TTGAAGTTTGACGATGATGAAGATACTGAAGAATATAAGATTGTTGGCCGGATGGAGGCTGATTTAGCCG
ATGGCAAGATTTCCTTTGGTTCACCACTGGGCCAAGCAATTATGAAAAAAGAGGCAGGGACGACTTCAAC
AGTTGAAGCACCGGCCGGAGAATATAAGGT

所以基本上，它是在“>；”之后的名称需要改成相应的名字。 所以对于BIN001，所有的标题都是“乳酸菌”

如果我不太清楚的话，请随便问问题

谢谢

链接到文件和文件夹：

https://www.dropbox.com/sh/ho3ux5wplv7yk4u/AAAuqLOFKtxXr3KTwGqca778a?dl=0