命令在终端或程序中给出不同的行为（Python和C++）

Question

我正在尝试以编程方式执行以下命令：

~$ obabel -:"ccco" -O /home/user/output.png

obabel是一个化学库，基本上如果“”中的字符串是完整的，它将无法生成PNG文件，如果它是合法的化学结构，将生成PNG文件。这在候机楼有效。你知道吗

但是，如果我用Python调用同一个命令，PNG文件会为完全无意义的输入字符串生成，当命令在终端中执行时，这些字符串不会生成PNG。你知道吗

我使用这样的子流程：

cmd = 'obabel -:"ccco" -O /home/user/output.png'
proc = sub.Popen([cmd], shell=True, stderr=sub.PIPE)
res = proc.communicate()

我也试过：

os.system(cmd)

试过Python2和Python3。从终端或iPython运行脚本时会发生这种情况。你知道吗

我也尝试过用C++来运行CMD：

std::string cmd = "obabel -:\"ccco\" -O /home/user/output.png";
system(cmd.c_str());

Answer 1

默认情况下Popen需要字符串参数列表，但是如果传递shell=True，则可以将命令作为简单字符串提供（它将在shell中执行）。当前，您正在传入一个包含整个命令的字符串的列表，您可以使用以下任一选项：

proc = subprocess.Popen('obabel -:"ccco" -O output.png', shell=True, stderr=subprocess.PIPE)
proc = subprocess.Popen(['obabel', '-:ccco', '-O', 'output.png'], stderr=subprocess.PIPE)

用引号转义SMILES字符串似乎是为了保护它不受shell的影响，直接传递输入时不需要它（否则"字符将成为字符串的一部分，并导致无效语法）。你知道吗