Python热图:更改颜色图并使其不对称

2024-05-15 11:06:50 发布

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我想为这些数据建立一个热图:

curation1       curation2       overlap
1      2      0
1      3      1098
1      4      11
1      5      137
1      6      105
1      7      338
2      3      351
2      4      0
2      5      1
2      6      0
2      7      0
3      4      132
3      5      215
3      6      91
3      7      191
4      5      6
4      6      10
4      7      19
5      6      37
5      7      95
6      7     146

我用这个代码做了一个热图:

import sys
import pandas as pd
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.ticker as ticker
import matplotlib.cm as cm
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
from matplotlib import colors

data_raw = pd.read_csv(sys.argv[1],sep = '\t')
data_raw["curation1"] = pd.Categorical(data_raw["curation1"], data_raw.curation1.unique())
data_raw["curation2"] = pd.Categorical(data_raw["curation2"], data_raw.curation2.unique())
data_matrix = data_raw.pivot("curation1", "curation2", "overlap")

fig = plt.figure()
fig, ax = plt.subplots(1,1, figsize=(12,12))
heatplot = ax.imshow(data_matrix,cmap = 'BuPu')
#ax.set_xticklabels(data_matrix.columns)
#ax.set_yticklabels(data_matrix.index)
tick_spacing = 1
#ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(tick_spacing))
#ax.yaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(tick_spacing))
ax.set_title("Overlap")
fig.savefig('output.pdf')

输出如下:this

我有三个问题:

  1. 您可以看到颜色方案有点“关闭”,因为大多数数据的颜色都很浅,并且有一个随机的紫色框来指示“0”。理想情况下,我希望这个热图是不同颜色的绿色,最深的绿色是最高的数字,最浅的(但仍然清晰可见)绿色是最低的数字。我试着使用'cmap'参数,例如将它改为'winter',如python教程here中所述;但是我做错了什么。有人能告诉我具体在哪里可以改变这个吗?

  2. 颜色条:我想加一个颜色条,但我想我需要先解决问题1。

  3. 不对称:正如你所见,这个情节是不对称的。是否可以绘制一半热图(例如,去掉不必要的线,并可能将轴标签移到绘图的右侧)?如果不是的话,这没什么大不了的,因为我可以在powerpoint中重新调整它)。


Tags: importdatarawmatplotlib颜色aspltax