我想为这些数据建立一个热图:
curation1 curation2 overlap
1 2 0
1 3 1098
1 4 11
1 5 137
1 6 105
1 7 338
2 3 351
2 4 0
2 5 1
2 6 0
2 7 0
3 4 132
3 5 215
3 6 91
3 7 191
4 5 6
4 6 10
4 7 19
5 6 37
5 7 95
6 7 146
我用这个代码做了一个热图:
import sys
import pandas as pd
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.ticker as ticker
import matplotlib.cm as cm
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
from matplotlib import colors
data_raw = pd.read_csv(sys.argv[1],sep = '\t')
data_raw["curation1"] = pd.Categorical(data_raw["curation1"], data_raw.curation1.unique())
data_raw["curation2"] = pd.Categorical(data_raw["curation2"], data_raw.curation2.unique())
data_matrix = data_raw.pivot("curation1", "curation2", "overlap")
fig = plt.figure()
fig, ax = plt.subplots(1,1, figsize=(12,12))
heatplot = ax.imshow(data_matrix,cmap = 'BuPu')
#ax.set_xticklabels(data_matrix.columns)
#ax.set_yticklabels(data_matrix.index)
tick_spacing = 1
#ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(tick_spacing))
#ax.yaxis.set_major_locator(ticker.MultipleLocator(tick_spacing))
ax.set_title("Overlap")
fig.savefig('output.pdf')
我有三个问题:
您可以看到颜色方案有点“关闭”,因为大多数数据的颜色都很浅,并且有一个随机的紫色框来指示“0”。理想情况下,我希望这个热图是不同颜色的绿色,最深的绿色是最高的数字,最浅的(但仍然清晰可见)绿色是最低的数字。我试着使用'cmap'参数,例如将它改为'winter',如python教程here中所述;但是我做错了什么。有人能告诉我具体在哪里可以改变这个吗?
颜色条:我想加一个颜色条,但我想我需要先解决问题1。
不对称:正如你所见,这个情节是不对称的。是否可以绘制一半热图(例如,去掉不必要的线,并可能将轴标签移到绘图的右侧)?如果不是的话,这没什么大不了的,因为我可以在powerpoint中重新调整它)。
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