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<p>我有样品输入文件.txt地址:</p> <pre><code>chr15 74436458 74466677 pi-1700016M24Rik.1 - chr17 79734018 79754230 pi-Cdc42ep3.1 - chr3 124103907 124128909 pi-1700006A11Rik.1 - chr5 102261978 102280532 pi-Wdfy3.1 - chr6 85061409 85076088 pi-Gm5878.1 - chr9 51573456 51661164 pi-Arhgap20.1 + chr10 127114107 127132221 pi-Tmem194.1 + chr11 103286577 103315010 11-qE1-9443.1 + chr11 107855325 107859037 11-qE1-3997.1 + chr11 108278889 108286739 11-qE1-252.1 - chr12 99620581 99658258 12-qE-23911.1 - chr12 99658453 99692927 12-qE-7089.1 + chr13 21595489 21598393 13-qA3.1-213.1 - chr13 24997468 25026901 13-qA3.1-355.1 + </code></pre> <p>第1列=染色体数目</p> <p>Column2=开始</p> <p>第3列=结束</p> <p>Column4=基因名称</p> <p>第5列=方向(或+或-)</p> <p>1.)我需要提取具有相同染色体数目的品系,它们的起始位点有200个方向相反的差异(一个是正/负)。你知道吗</p> <p>我不知道如何接近它。到目前为止,我已经列出了两个起始站点列表(一个是正方向的,一个是负方向的)。但我不知道如何用python实现这一点。任何建议都将不胜感激!你知道吗</p> <pre><code>#!/usr/bin/env python import sys import csv f=open('Samplefileinput.txt', 'r') list1=[] #start sites with + direction list2=[] #start sites with - direction for line in f: fields=line.strip().split() chromosome =fields[0] start=int(fields[1]) end=int(fields[2]) gene=fields[3] direction = fields[4] #plus/minus if '+' in direction: list1.append(start) if '-' in direction: list2.append(start) </code></pre> <p>但这对我一点帮助都没有。不知该如何继续。非常感谢。你知道吗</p> <pre><code>Ideal Output: ChrX start_number1 gene_name1 ChrX start_number1+/-200 gene_name2 ChrY start_number2 gene_name3 ChrZ start_number2+/-200 gene_name4 </code></pre> <p>前两个读数的方向不同。 最后两个也是同样的情况。你知道吗</p> <p>我不确定会有多少行输出。非常感谢!你知道吗</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>从第一列的每个项目中删除Chr (你可以穿过每一条线</p> <pre><code> [3:] </code></pre> <p>每行中,除了前3个字符以外的所有字符。 然后按第一列对行进行排序,就差不多完成了?你知道吗</p>
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