离散轴circos图的软件推荐

Question

我想做一个类似circos的绘图，只显示SNPs（SNPs属性有多个轨迹）。它可以用python，R或者我很乐意考虑其他语言。你知道吗

到目前为止，我已经看了一眼的盘旋R包。 但是，我在初始化circos图时得到了错误"Range of the sector ('C') cannot be 0"。 我相信这个错误是因为我有离散数据（SNPs）而不是所有位置的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。你知道吗

我在下面简化了我的数据，并展示了我迄今为止尝试的代码：

Sample  Gene    Pos read_depth  Freq
1   A   20394   43  99
1   B   56902   24  99
2   A   20394   50  99
2   B   56902   73  99
3   A   20394   67  50
3   B   56902   20  99
3   C   2100394 21  50

install.packages("circlize")
library(circlize)
data <- read.table("test_circos.txt", sep='\t', header=TRUE)
circos.par("track.height" = 0.1)
circos.initialize(factors = data$Gene, x = data$Pos)

我想知道是否有可能得到一个类似圆环的图，其中我的每个数据点（在我的例子中是7点）被绘制为一个单独的数据点，而没有任何其他点被绘制，以离散轴的方式。你知道吗

Answer 1

如果有人感兴趣，我决定做如下：

1. 每个类别的数据点数（='Gene'）；新列'Number'：

Sample  Gene  Pos     depth  Freq   Number
1       A     20394   43     99     1      
1       B     56902   24     99     1
2       A     20394   50     99     2
2       B     56902   73     99     2
3       A     20394   67     50     3
3       B     56902   20     99     3
3       C     2100394 21     50     1

1. 按如下方式设计circos配置文件（实际配置文件中不包括头文件）：

chr - ID  LABEL START END COLOUR
chr - A   A     0     3   chr1
chr - B   B     0     3   chr2
chr - C   C     0     1   chr3

这意味着我的基因长度将等于在所述基因中识别的SNP的数量，并且基因的每个bp将在我的SNP文件中代表一行（=SNP）。你知道吗

然后我就可以正常使用circos了。你知道吗

最后，我选择circos是因为它似乎是最好的文档，因此更容易学习，而且看起来更灵活。你知道吗